The lizard genus Xantusia of southwestern North America has received recent attention in relation to delimiting species. Wykorzystując ponad 500 jaszczurek ze 156 stanowisk, dalej testujemy hipotetyczne granice gatunków i wyjaśniamy wzorce filogeograficzne, szczególnie w regionach potencjalnego wtórnego kontaktu. Sekwencjonowaliśmy cały mitochondrialny gen cytochromu b dla każdej jaszczurki w badaniu, plus drugi region mitochondrialnego DNA (mtDNA) i dwa introny jądrowe dla podzbiorów całej próby. Analizy filogenetyczne mtDNA pozwoliły odtworzyć dobrze rozwiązaną, nową hipotezę dla gatunków w kompleksie Xantusia vigilis. Dane z jądrowego DNA (nDNA) dostarczają niezależnego wsparcia dla uznania X. arizonae, X. bezyi i X. wigginsi. Różnice między topologią mtDNA i nDNA wynikają albo z efektów sortowania linii, albo z dawnej introgresji. Dane jądrowe potwierdzają wniosek, że niektóre populacje X. vigilis w północno-zachodniej Arizonie zbiegły się w kierunku morfologii zamieszkującej szczeliny skalne i nie są X. arizonae z introgresją genomu mtDNA X. vigilis. Historyczna niezależność starożytnych kryptycznych linii Xantusia w południowej Kalifornii została również potwierdzona, choć wykryto ograniczoną introgresję. Zaproponowany przez nas scenariusz biogeograficzny wskazuje, że różnicowanie tej grupy było napędzane przez wiktorie rozpoczynające się w późnym miocenie. Dodatkowo, plejstoceńskie zmiany klimatyczne wpłynęły na rozmieszczenie Xantusia, a obecnie niegościnna Pustynia Kolorado była wcześniej miejscem występowania jaszczurek nocnych. Obecna taksonomia tej grupy prawdopodobnie niedoszacowuje różnorodności gatunkowej w jej obrębie, a nasze wyniki wspólnie pokazują, że podczas gdy konwergencja morfologii zamieszkującej skalne szczeliny jest jednym z wyróżników ewolucji Xantusia, morfologiczny zastój jest paradoksalnie innym.