Le genre de lézard Xantusia du sud-ouest de l’Amérique du Nord a reçu une attention récente en ce qui concerne la délimitation des espèces. En utilisant plus de 500 lézards provenant de 156 localités, nous testons davantage les frontières d’espèces hypothétiques et clarifions les modèles phylogéographiques, en particulier dans les régions de contact secondaire potentiel. Nous avons séquencé l’intégralité du gène mitochondrial du cytochrome b pour chaque lézard de l’étude, ainsi qu’une deuxième région d’ADN mitochondrial (ADNmt) et deux introns nucléaires pour des sous-ensembles de l’échantillon total. Les analyses phylogénétiques de l’ADNmt retrouvent une nouvelle hypothèse bien résolue pour les espèces du complexe Xantusia vigilis. Les données de l’ADN nucléaire (ADNn) fournissent un soutien indépendant pour la reconnaissance de X. arizonae, X. bezyi et X. wigginsi. Les différences entre les topologies respectives de l’ADNmt et de l’ADNn résultent soit des effets du tri des lignées, soit d’une introgression ancienne. Les données nucléaires confirment l’inférence que certaines populations de X. vigilis dans le nord-ouest de l’Arizona ont convergé vers une morphologie de crevasse rocheuse et ne sont pas des X. arizonae avec un génome ADNmt introgressé de X. vigilis. L’indépendance historique d’anciennes lignées cryptiques de Xantusia en Californie du Sud est également corroborée, bien qu’une introgression limitée soit détectée. Le scénario biogéographique que nous proposons indique que la diversification de ce groupe est due à une vicariance qui a débuté à la fin du Miocène. De plus, les changements climatiques du Pléistocène ont influencé la distribution des Xantusia, et le désert du Colorado, aujourd’hui inhospitalier, a déjà permis la présence de lézards nocturnes. La taxonomie actuelle du groupe sous-estime probablement la diversité des espèces au sein du groupe, et nos résultats montrent collectivement que si la convergence sur la morphologie rocailleuse est une marque de l’évolution des Xantusia, la stase morphologique en est paradoxalement une autre.