Il genere di lucertola Xantusia del Nord America sud-occidentale ha ricevuto un’attenzione recente in relazione alla delimitazione delle specie. Usando più di 500 lucertole da 156 località, testiamo ulteriormente i confini di specie ipotizzati e chiariamo i modelli filogeografici, in particolare nelle regioni di potenziale contatto secondario. Abbiamo sequenziato l’intero gene mitocondriale del citocromo b per ogni lucertola nello studio, più una seconda regione del DNA mitocondriale (mtDNA) e due introni nucleari per sottoinsiemi del campione totale. Le analisi filogenetiche del mtDNA recuperano un’ipotesi ben risolta e nuova per le specie nel complesso Xantusia vigilis. I dati del DNA nucleare (nDNA) forniscono un supporto indipendente per il riconoscimento di X. arizonae, X. bezyi e X. wigginsi. Le differenze tra le rispettive topologie del mtDNA e del nDNA derivano dagli effetti dell’ordinamento dei lignaggi o da un’antica introgressione. I dati nucleari confermano la deduzione che alcune popolazioni di X. vigilis nell’Arizona nord-occidentale convergono sulla morfologia delle rocce e non sono X. arizonae con un genoma mtDNA di X. vigilis introgresso. L’indipendenza storica di antichi lignaggi criptici di Xantusia nella California meridionale è anche confermata, anche se viene rilevata un’introgressione limitata. Il nostro scenario biogeografico proposto indica che la diversificazione di questo gruppo è stata guidata dalla vicarianza a partire dal tardo Miocene. Inoltre, i cambiamenti climatici del Pleistocene hanno influenzato la distribuzione di Xantusia, e l’ormai inospitale deserto del Colorado ha precedentemente supportato la presenza della lucertola notturna. L’attuale tassonomia del gruppo probabilmente sottostima la diversità delle specie all’interno del gruppo, e i nostri risultati mostrano collettivamente che mentre la convergenza sulla morfologia delle rocce-crevice-dimora è una caratteristica dell’evoluzione di Xantusia, la stasi morfologica è paradossalmente un’altra.