Sottoinsiemi del contenuto del WoRMS sono resi disponibili, e possono avere badge separati e le proprie home/pagine di lancio, come “sottoregistri”, come la World List of Marine Acanthocephala, World List of Actiniaria, World Amphipoda Database, World Porifera Database, e così via. A dicembre 2018 c’erano 60 di questi sottoregistri tassonomici, compreso un certo numero attualmente in costruzione. Una seconda categoria di sottoregistri comprende database di specie regionali come il Registro africano delle specie marine, il Registro belga delle specie marine, ecc. mentre una terza comprende sottoinsiemi tematici come il Registro mondiale delle specie di mare profondo (WoRDSS), il Registro mondiale delle specie marine introdotte (WRiMS), ecc. In tutti questi casi, i dati di base sono inseriti e conservati una sola volta come parte del sistema di dati WoRMS per facilitare la manutenzione e la coerenza dei dati, e sono riprodotti secondo necessità nel contesto del sottoregistro o dei sottoregistri pertinenti a cui possono anche appartenere.

Alcuni sottoregistri espandono il contenuto oltre il concetto originale “marino” di WoRMS includendo taxa d’acqua dolce o terrestri per completezza nella loro area di interesse designata; tali record possono essere esclusi da una ricerca standard di WoRMS selezionando opzioni appropriate nell’interfaccia di ricerca online.