Teilmengen des WoRMS-Inhalts werden als „Unterregister“ zur Verfügung gestellt und können eine separate Kennzeichnung und eigene Home-/Launch-Seiten haben, wie z. B. die World List of Marine Acanthocephala, World List of Actiniaria, World Amphipoda Database, World Porifera Database usw. Im Dezember 2018 gab es 60 solcher taxonomischen Unterregister, einschließlich einer Reihe, die sich derzeit im Aufbau befindet. Eine zweite Kategorie von Unterregistern umfasst regionale Artendatenbanken wie das African Register of Marine Species, Belgian Register of Marine Species usw., während eine dritte Kategorie thematische Unterregister wie das World Register of Deep-Sea Species (WoRDSS), World Register of Introduced Marine Species (WRiMS) usw. umfasst. In all diesen Fällen werden die Basisdaten nur einmal als Teil des WoRMS-Datensystems eingegeben und gespeichert, um die Pflege zu erleichtern und die Datenkonsistenz zu gewährleisten, und sie werden je nach Bedarf im Zusammenhang mit dem jeweiligen Unterregister oder den Unterregistern, zu denen sie auch gehören können, neu angezeigt.

Einige Unterregister erweitern den Inhalt über das ursprüngliche „marine“ Konzept von WoRMS hinaus, indem sie der Vollständigkeit halber Süßwasser- oder terrestrische Taxa in ihrem ausgewiesenen Interessengebiet aufnehmen; solche Datensätze können von einer Standardsuche in WoRMS ausgeschlossen werden, indem entsprechende Optionen in der Online-Suchschnittstelle ausgewählt werden.