Verursacht durch magnetische Stürme, die die Oberfläche der Sonne durchbrechen, erscheinen diese relativ kühlen Flecken als schwarze Punkte, die sich über die Sonnenscheibe zu bewegen scheinen. Sie sind manchmal so groß, dass man sie mit bloßem Auge durch dünne Wolken oder bei Sonnenuntergang sehen kann. Ihre Existenz ist wahrscheinlich schon seit prähistorischen Zeiten bekannt, und chinesische Astronomen haben schon vor über 2000 Jahren Aufzeichnungen über sie gemacht.

Die wahre Natur der Sonnenflecken wurde jedoch erst mit dem Aufkommen der modernen Astronomie im frühen 17. Der Glaube an das antike griechische Modell eines perfekten Universums war noch weit verbreitet, so dass die Existenz von „Flecken“ auf der Sonne sehr umstritten war. Im Jahr 1611 bestand der Jesuitengelehrte Christoph Scheiner darauf, dass es sich um Monde handelte, die um die ansonsten makellose Sonne kreisen. Galilei war nicht überzeugt und argumentierte für Wolken in der Sonnenatmosphäre.

Der erste, der nachwies, dass die Sonnenflecken Merkmale der Sonne selbst waren, war ein deutscher Astronom namens Johannes Fabricius. Mit einer Lochkamera beobachtete er monatelang Gruppen von Sonnenflecken und zeigte, dass sie über dem westlichen Rand der Sonne verschwanden und zwei Wochen später auf der anderen Seite wieder auftauchten. Dies bestätigte, dass sie Teil der rotierenden Oberfläche der Sonne waren – und machte Fabricius zum ersten Sonnenforscher.

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