Die Eidechsengattung Xantusia des südwestlichen Nordamerikas hat in jüngster Zeit viel Aufmerksamkeit in Bezug auf die Abgrenzung von Arten erhalten. Anhand von mehr als 500 Eidechsen aus 156 Fundorten überprüfen wir die vermuteten Artgrenzen und klären phylogeografische Muster, insbesondere in Regionen mit potenziellem Sekundärkontakt. Wir sequenzierten das gesamte mitochondriale Cytochrom-b-Gen für jede Eidechse in der Studie sowie eine zweite mitochondriale DNA-Region (mtDNA) und zwei nukleare Introns für Teilmengen der Gesamtprobe. Phylogenetische Analysen der mtDNA ergaben eine gut gelöste, neue Hypothese für die Arten des Xantusia vigilis-Komplexes. Die Daten der Kern-DNA (nDNA) liefern unabhängige Unterstützung für die Anerkennung von X. arizonae, X. bezyi und X. wigginsi. Die Unterschiede zwischen den jeweiligen mtDNA- und nDNA-Topologien resultieren entweder aus den Auswirkungen der Sortierung von Linien oder aus alter Introgression. Die nuklearen Daten bestätigen die Schlussfolgerung, dass einige Populationen von X. vigilis im nordwestlichen Arizona zu einer felsenbewohnenden Morphologie konvergierten und keine X. arizonae mit einem introgressierten mtDNA-Genom von X. vigilis sind. Die historische Unabhängigkeit alter kryptischer Xantusia-Linien in Südkalifornien wird ebenfalls bestätigt, obwohl eine begrenzte Introgression festgestellt wurde. Das von uns vorgeschlagene biogeografische Szenario deutet darauf hin, dass die Diversifizierung dieser Gruppe durch Vikarianz ab dem späten Miozän vorangetrieben wurde. Darüber hinaus haben die klimatischen Veränderungen des Pleistozäns die Verbreitung von Xantusia beeinflusst, und die heute unwirtliche Colorado-Wüste war früher die Heimat der Nachteidechsen. Die derzeitige Taxonomie der Gruppe unterschätzt wahrscheinlich die Artenvielfalt innerhalb der Gruppe, und unsere Ergebnisse zeigen insgesamt, dass während die Konvergenz auf die felsenbewohnende Morphologie ein Kennzeichen der Xantusia-Evolution ist, ist die morphologische Stasis paradoxerweise ein anderes.