Genul de șopârle Xantusia din sud-vestul Americii de Nord a primit recent atenție în legătură cu delimitarea speciilor. Utilizând mai mult de 500 de șopârle din 156 de localități, testăm în continuare limitele ipotezate ale speciilor și clarificăm modelele filogeografice, în special în regiunile de potențial contact secundar. Am secvențiat întreaga genă mitocondrială a citocromului b pentru fiecare șopârlă din studiu, plus o a doua regiune de ADN mitocondrial (mtDNA) și două introni nucleari pentru subseturi din eșantionul total. Analizele filogenetice ale ADNmt au recuperat o ipoteză nouă, bine rezolvată, pentru speciile din complexul Xantusia vigilis. Datele ADN-ului nuclear (nADN) oferă un sprijin independent pentru recunoașterea X. arizonae, X. bezyi și X. wigginsi. Diferențele dintre topologiile mtDNA și nDNA respective sunt rezultatul fie al efectelor sortării liniei de descendență, fie al introgresiei antice. Datele nucleare confirmă deducția conform căreia unele populații de X. vigilis din nord-vestul Arizonei au convergent spre morfologia care locuiește în crevase stâncoase și nu sunt X. arizonae cu un genom mtDNA X. vigilis introgresat. Independența istorică a vechilor neamuri criptice de Xantusia din sudul Californiei este, de asemenea, confirmată, deși s-a detectat o introgresie limitată. Scenariul biogeografic propus de noi indică faptul că diversificarea acestui grup a fost determinată de vicarianță începând cu Miocenul târziu. În plus, schimbările climatice din Pleistocen au influențat distribuția Xantusia, iar deșertul Colorado, în prezent neospitalier, a susținut anterior prezența șopârlei de noapte. Taxonomia actuală a grupului subestimează probabil diversitatea speciilor din cadrul grupului, iar rezultatele noastre colective arată că, în timp ce convergența asupra morfologiei care locuiește în crevase stâncoase este un semn distinctiv al evoluției Xantusia, stagnarea morfologică este, în mod paradoxal, un alt semn distinctiv.