O género Xantusia lagarto do sudoeste da América do Norte recebeu recentemente atenção em relação à delimitação de espécies. Usando mais de 500 lagartos de 156 localidades, testamos ainda mais hipóteses de delimitação de espécies e esclarecemos padrões filográficos, particularmente em regiões de potencial contato secundário. Seqüenciamos todo o gene do citocôndrio mitocondrial b para cada lagarto do estudo, mais uma segunda região de DNA mitocondrial (mtDNA) e dois introns nucleares para subconjuntos do total da amostra. As análises filogenéticas do mtDNA recuperam uma hipótese nova e bem resolvida para as espécies do complexo Xantusia vigilis. Os dados de DNA nuclear (nDNA) fornecem suporte independente para o reconhecimento de X. arizonae, X. bezyi e X. wigginsi. As diferenças entre as respectivas topologias mtDNA e nDNA resultam quer dos efeitos da classificação de linhagem quer da antiga introgressão. Os dados nucleares confirmam a inferência de que algumas populações de X. vigilis no noroeste do Arizona convergiram para a morfologia de rochas e não são X. arizonae com um genoma de X. vigilis mtDNA introgressado. A independência histórica das antigas linhagens crípticas de Xantusia no sul da Califórnia também é corroborada, embora seja detectada uma introgressão limitada. Nosso cenário biogeográfico proposto indica que a diversificação deste grupo foi impulsionada pela vicariância a partir do falecido Mioceno. Adicionalmente, as mudanças climáticas do Pleistoceno influenciaram a distribuição do Xantusia, e o agora inóspito Deserto do Colorado anteriormente suportava a presença noturna de lagartos. A taxonomia atual do grupo provavelmente subestima a diversidade de espécies dentro do grupo, e nossos resultados coletivamente mostram que enquanto a convergência na morfologia rocha-creve é uma marca da evolução do Xantusia, a estase morfológica é paradoxalmente outra.