Exploring Genomic Relations at the Gene and SNP Level Through Enrichment, Similarity and Network Analysis

Głównym celem XGR jest dostarczenie systemu interpretacji danych. Został on zaprojektowany, aby uczynić zdefiniowaną przez użytkownika listę genów lub SNP bardziej interpretowalną poprzez kompleksowe wykorzystanie informacji ontologicznych i sieciowych w celu ujawnienia związków i zwiększenia możliwości odkryć biologicznych. XGR jest unikalny w obsłudze szerokiego zakresu ontologii (włączając w to wiedzę o funkcjach biologicznych i molekularnych, ścieżkach, chorobach i fenotypach – zarówno u ludzi jak i u myszy) oraz różnych typów sieci (włączając w to interakcje funkcjonalne, fizyczne i ścieżkowe). Istnieją dwie główne funkcjonalności XGR. Pierwszą z nich jest podstawowa infrastruktura umożliwiająca łatwy dostęp do wbudowanych ontologii i sieci. Druga to rozszerzalne funkcje, obecnie obejmujące 1) analizę wzbogacenia przy użyciu wbudowanych lub własnych ontologii, 2) analizę podobieństwa do obliczania semantycznego podobieństwa między genami (lub SNP) w oparciu o ich profile anotacji ontologicznej, oraz 3) analizę sieciową do identyfikacji sieci genów na podstawie zapytania o listę (znaczących) genów lub SNP. Wraz z aplikacją internetową, XGR ma na celu dostarczenie przyjaznego użytkownikowi narzędzia do eksploracji relacji genomowych na poziomie genów i SNP.

.