Dopóki Stubbs nie znalazł konieczności poświęcenia całego swojego czasu obowiązkom biskupim, koncentrował się na studiach historycznych. Twierdził, że teoria jedności i ciągłości historii nie powinna usuwać rozróżnień między historią starożytną i nowożytną. Uważał, że chociaż praca nad historią starożytną jest pożytecznym przygotowaniem do studiowania historii nowożytnej, to jednak obie mogą być korzystnie studiowane oddzielnie. Uważał również, że efekty indywidualnego charakteru i ludzkiej natury sprawią, że uogólnienia będą niejasne i bezużyteczne. Podkreślając, że historia jest użyteczna jako dyscyplina umysłowa i część liberalnej edukacji, zalecał jej studiowanie przede wszystkim dla niej samej. W tym duchu pracował; miał zdolność osądu i geniusz do drobiazgowych i krytycznych badań. Był równie wybitny w historii kościelnej, jako redaktor tekstów i jako historyk brytyjskiej konstytucji.

Registrum sacrum, Constitutional History, and Select ChartersEdit

W 1858 r. Stubbs opublikował Registrum sacrum anglicanum, które określa sukcesję biskupią w Anglii, po którym nastąpiło wiele innych późniejszych prac, a zwłaszcza jego udział w Councils and Ecclesiastical Documents, zredagowany we współpracy z Rev. A. W. Haddanem, za którego trzeci tom był szczególnie odpowiedzialny. Zredagował dziewiętnaście tomów dla Rolls series of Chronicles and Memorials.

Jednakże to dzięki Constitutional History of England Stubbsa (3 tomy, 1874-78) jest on najbardziej znany jako historyk. Stała się ona od razu standardowym autorytetem w swoim temacie. Pojawienie się tej książki, która śledzi rozwój angielskiej konstytucji od krzyżackich najazdów na Brytanię do roku 1485, stanowi wyraźny krok w rozwoju angielskiej nauki historycznej. Po niej ukazał się towarzyszący jej tom Select Charters and Other Illustrations of English Constitutional History.

Jego zasługi jako historykaEdit

Przez współczesnych Stubbsowi i po jego śmierci Stubbs był uważany za należącego do czołówki uczonych historycznych zarówno jako autor, jak i krytyk, oraz za mistrza w każdym dziale pracy historyka, od odkrywania materiałów do opracowywania dobrze uzasadnionych teorii i produkcji literackiej. Był dobrym paleografem i przodował w krytyce tekstowej, w badaniu autorstwa i innych tego typu sprawach, podczas gdy jego ogromna erudycja i pamięć retencyjna sprawiły, że nie miał sobie równych w interpretacji i ekspozycji. Jego zasługi jako autora są często oceniane wyłącznie na podstawie jego Historii konstytucyjnej.

Jednakże praca Stubbsa nie jest całkowicie niekwestionowana. Niektórzy współcześni historycy kwestionowali przyjęcie przez niego niektórych średniowiecznych kronik, pisanych przez zakonnych skrybów, których poglądy byłyby w pewnym stopniu pod wpływem polityki Kościoła katolickiego. Jedną z takich krytyk była tyrada Stubbsa przeciwko Wilhelmowi Rufusowi, którego postać była bardzo złagodzona przez kronikarzy, być może z powodu jego sprzeciwu wobec reform gregoriańskich za jego panowania, co doprowadziło do wygnania arcybiskupa Anzelma.

Wśród najbardziej godnych uwagi przykładów pracy Stubbsa dla serii Rolls znajdują się przedmowy do Rogera z Hoveden, Gesta regum Williama z Malmesbury, Gesta Henrici II i Memorials of St. Dunstan.

.