Tuż przed wybuchem wojny hiszpańsko-amerykańskiej Shafter był dowódcą Departamentu Kalifornii. Shafter był mało prawdopodobnym kandydatem do dowodzenia wyprawą na Kubę. Miał 63 lata, ważył ponad 300 funtów i cierpiał na podagrę. Mimo to otrzymał awans na generała majora ochotników i dowództwo Piątego Korpusu Armii gromadzącego się w Tampa na Florydzie. Jednym z możliwych powodów przyznania mu tego dowództwa był brak ambicji politycznych.

Shafter wydawał się od początku utrzymywać bardzo luźną kontrolę nad wyprawą na Kubę, zaczynając od bardzo zdezorganizowanego lądowania w Daiquiri na południowym wybrzeżu Kuby. Zamieszanie panowało w kwestii priorytetów lądowania i łańcucha dowodzenia. Kiedy generał Sumner nie zgodził się na zejście z pokładu transportowca Cherokee oddziału dział Gatlinga, który miał pierwszeństwo, uzasadniając to tym, że porucznik dowodzący oddziałem nie miał wystarczającej rangi, aby wyegzekwować swoje pierwszeństwo, Shafter musiał osobiście interweniować, wracając na statek parowcem, aby wyegzekwować swoje żądanie natychmiastowego zejścia z dział.

Podczas wyokrętowania, Shafter wysłał do przodu Dywizję Kawalerii Piątego Korpusu pod dowództwem Josepha Wheelera, aby rozpoznała drogę do Santiago de Cuba. W zupełnym (rzekomym, poszukajcie i przeczytajcie raporty z działań ppłk Roosevelta i płk Wooda) zlekceważeniu rozkazów, Wheeler wywołał walkę, która przerodziła się w bitwę pod Las Guasimas. Shafter najwyraźniej nie zdawał sobie sprawy, że bitwa była w toku, ani nie powiedział nic Wheelerowi na ten temat po jej zakończeniu.

W końcu opracowano plan ataku na Santiago. Shafter miał wysłać swoją 1 Dywizję (w tym czasie numery brygad i dywizji nie były unikalne poza ich macierzystą formacją) do ataku na El Caney, podczas gdy jego 2 Dywizja i Dywizja Kawalerii miały zaatakować wzgórza na południe od El Caney, znane jako Wzgórze San Juan. Pierwotnie Shafter planował poprowadzić swoje siły od frontu, ale bardzo cierpiał z powodu tropikalnego upału i został zamknięty w swojej kwaterze głównej daleko na tyłach i poza zasięgiem wzroku walczących. Nie mogąc obserwować bitwy z pierwszej ręki, nigdy nie stworzył spójnego łańcucha dowodzenia. Plany ofensywne Shaftera były zarówno uproszczone, jak i bardzo niejasne. Wydawał się być nieświadomy lub nie przejmował się masowym efektem zabijania, jaki dawała nowoczesna technologia broni wojskowej posiadana przez Hiszpanów. Co więcej, jego wysiłki wywiadowcze dotyczące rozmieszczenia i wyposażenia hiszpańskich oddziałów były niezwykle skromne, choć miał do dyspozycji wiele źródeł, w tym raporty zwiadowcze kubańskich rebeliantów, jak również szpiegostwo uzyskane od rdzennych Kubańczyków.

Podczas pośpiesznego ataku na El Caney i San Juan Heights, siły amerykańskie, które zapełniły dostępne drogi i nie były w stanie manewrować, poniosły ciężkie straty od hiszpańskich oddziałów wyposażonych w nowoczesne powtarzalne karabiny bezdymne i artylerię ładowaną zamkowo, podczas gdy krótkostrzelne działa czarnoprochowe amerykańskich jednostek artyleryjskich nie były w stanie skutecznie odpowiedzieć. Dodatkowe straty poniesiono podczas samego natarcia, które charakteryzowało się serią odważnych, ale zdezorganizowanych i nieskoordynowanych posunięć. Po poniesieniu około 1400 ofiar, wspomagani przez jeden oddział dział Gatlinga dla wsparcia ogniowego, amerykańskie oddziały z powodzeniem szturmowały i zajęły zarówno El Caney jak i San Juan Heights.

Następnym zadaniem dla Shaftera było zdobycie i oblężenie miasta Santiago i jego garnizonu. Jednak rozmiary strat amerykańskich były znane w kwaterze głównej Shaftera w Sevilli (jego podagra, słaba kondycja fizyczna i ogromne rozmiary nie pozwalały mu na wyjazd na front). Ofiary były dostarczane nie tylko przez posłańców, ale także przez „wozy z mięsem”, które dowoziły rannych i umierających do szpitala. Widząc tę rzeź, Shafter zaczął się wahać w swojej determinacji, by pokonać Hiszpanów pod Santiago. Wiedział, że pozycja jego wojsk jest niepewna, ale nie miał zbyt wielu informacji na temat trudności Hiszpanów w oblężonym Santiago. Shafter czuł, że Marynarka Wojenna robi niewiele, aby zmniejszyć presję wywieraną na jego siły. Zaopatrzenie nie mogło być dostarczone na front, pozostawiając jego ludzi w potrzebie, zwłaszcza racje żywnościowe. Sam Shafter był chory i bardzo słaby. Mając taki obraz wydarzeń, Shafter wysłał dramatyczną wiadomość do Waszyngtonu. Zasugerował, że armia powinna zrezygnować z ataku i wszystkich swoich zdobyczy na ten dzień i wycofać się na bezpieczniejszy teren, oddalony o około pięć mil. Na szczęście, zanim ta wiadomość dotarła do Waszyngtonu, Shafter zmienił zdanie i zamiast tego wznowił operacje oblężnicze po zażądaniu od Hiszpanów poddania miasta i garnizonu Santiago. Wraz ze zwycięstwem marynarki USA w bitwie pod Santiago de Cuba, odniesionym przez admirałów Williama T. Sampsona i Winfielda Scotta Schleya, los hiszpańskiej pozycji w Santiago był przesądzony. Wkrótce potem hiszpański dowódca poddał miasto.

.