W 2002 roku zidentyfikowano mutacje w X-liniowym genie aristaless-related homeobox (ARX; Xp21.3) u osób z XLAG i u niektórych ich żeńskich krewnych. Mysi Arx i ludzki ARX wykazują wysoką ekspresję zarówno w grzbietowym, jak i brzusznym telencephalonie, w tym w neokorowej strefie komorowej i strefie zarodkowej eminencji zwojowej, z mniej intensywnymi sygnałami w strefie subventricularnej, płytce korowej, hipokampie, zwojach podstawy i brzusznym wzgórzu. U myszy z niedoborem Arx stwierdzono upośledzoną migrację styczną i nieprawidłowe różnicowanie interneuronów GABAergicznych w zwojach nerwowych i neocortex, a także nieprawidłowe różnicowanie jąder. Cechy te obejmują niektóre z cech klinicznych XLAG u ludzi. Mutacje ARX u pacjentów z XLAG były głównie mutacjami przedwczesnej terminacji (duże delecje, frameshift, mutacje nonsensowne, mutacje miejsc splice), podczas gdy mutacje missense były mniej powszechne i zlokalizowane głównie w domenie homeobox. Pacjenci niosący niekonserwatywne mutacje missense w obrębie homeoboksu wykazywali mniej ciężki przebieg XLAG, podczas gdy konserwatywna substytucja w homeodomenie powodowała zespół Prouda (ACC z nieprawidłowymi genitaliami). Niekonserwatywna mutacja typu missense w pobliżu C-końcowej domeny arystalesa powodowała niezwykle ciężki XLAG z mikrocefalią i łagodną hipoplazją móżdżku. Mutacje ARX są również związane ze spektrum łagodniejszych fenotypów, bez makroskopowych zniekształceń mózgu, takich jak X-linked infantile spasms, zespół charakteryzujący się opóźnieniem umysłowym związanym z dystonicznymi ruchami (zespół Partingtona; patrz ten termin), cechy autystyczne i deficyt intelektualny bez syndromu.

.