Krytycznym procesem w rozwoju embrionalnym jest aktywacja i przestrzenna lokalizacja mRNA do specyficznych komórek i terytoriów embrionu. Ujawnienie przestrzennej dystrybucji mRNA i jej zmian podczas rozwoju jest istotną informacją, która pomaga w zrozumieniu sygnalizacji i regulacji genów napędzających specyficzne sieci regulacji genów. W laboratorium, opłacalną i wiarygodną metodą określania przestrzennego rozmieszczenia mRNA w embrionach jest hybrydyzacja in situ. Ta czuła i prosta metoda wykorzystuje egzogenne sondy antysensowne RNA w celu znalezienia specyficznych i komplementarnych sekwencji w utrwalonych embrionach. Antygeny sprzężone z rybonukleotydami zawartymi w sondzie reagują krzyżowo z przeciwciałami, a liczne metody barwienia mogą być następnie zastosowane w celu ujawnienia przestrzennego rozmieszczenia docelowego mRNA. Jakość danych uzyskanych tą metodą jest równoważna doświadczeniu badacza, dlatego dokładne zrozumienie licznych etapów składających się na tę metodę jest ważne dla uzyskania wysokiej jakości danych. Tutaj zestawiamy i podsumowujemy kilka protokołów, które były stosowane głównie na pięciu gatunkach jeżowców w wielu laboratoriach na całym świecie. Podczas gdy protokoły mogą się różnić dla różnych gatunków, nadrzędne kroki są podobne i mogą być łatwo opanowane. Gdy jest prawidłowo i starannie przeprowadzona, hybrydyzacja in situ jest potężnym narzędziem dostarczającym jednoznacznych danych, dla których obecnie nie ma porównywalnego substytutu i będzie nadal ważną metodą w erze big data i poza nią.