W tym rozdziale opisano rozpoznawanie tRNA przez syntetazy aminoacyl-tRNA. Wysoce specyficzny wybór substratów tRNA przez syntetazy aminoacylo-tRNA jest intrygującym problemem w rozpoznawaniu RNA-białko. Syntetazy specyficzne dla każdego z 20 aminokwasów napotykaj± w komórce na pulę tRNA o podobnej strukturze ogólnej. Wybór odpowiedniego tRNA do przyłączenia każdego aminokwasu odbywa się poprzez tworzenie kontaktów RNA-białko, unikalnych dla każdej pary tRNA-syntetaza. Miejsca w tRNA, które regulują te interakcje, zostały zbadane za pomocą różnych technik omówionych w tym rozdziale, takich jak testy specyficzności tRNA dla aminokwasów. W rozdziale omówiono rolę antykodonu w rozpoznawaniu, rolę zasady akceptorowej i dyskryminacyjnej oraz rolę zmodyfikowanych zasad. Antykodon nie jest wymagany do rozpoznania tRNAAIa i prawdopodobnie tRNASer; te i wszystkie inne tRNA E. coli prawdopodobnie zawierają elementy identyfikujące w antykodonie, które są kluczowe dla rozróżniania poznawanych i nierozpoznawanych tRNA przez syntetazy in vivo. Ponadto, szereg tRNA E. coli zawiera ważne elementy rozpoznawcze dla ich syntetazy w rdzeniu akceptorowym i/lub w miejscu dyskryminatora.

.