Exploring Genomic Relations at the Gene and SNP Level Through Enrichment, Similarity and Network Analysis

L’obiettivo centrale di XGR è di fornire un sistema di interpretazione dei dati. È progettato per rendere un elenco di geni o SNP definito dall’utente più interpretabile utilizzando in modo completo le informazioni dell’ontologia e della rete per rivelare le relazioni e migliorare le opportunità di scoperta biologica. XGR è unico nel supportare una vasta gamma di ontologie (compresa la conoscenza delle funzioni biologiche e molecolari, dei percorsi, delle malattie e dei fenotipi – sia nell’uomo che nel topo) e diversi tipi di reti (comprese le interazioni funzionali, fisiche e dei percorsi). Ci sono due funzionalità di base dell’XGR. La prima è l’infrastruttura di base per un facile accesso alle ontologie e alle reti incorporate. La seconda è costituita da funzioni estensibili, che ora includono 1) l’analisi dell’arricchimento utilizzando ontologie incorporate o personalizzate, 2) l’analisi della somiglianza per calcolare la somiglianza semantica tra i geni (o SNPs) sulla base dei loro profili di annotazione ontologica, e 3) l’analisi delle reti per l’identificazione delle reti geniche data una lista di query di geni (significativi) o SNPs. Insieme alla sua applicazione web, XGR mira a fornire uno strumento facile da usare per esplorare le relazioni genomiche a livello di geni e SNP.