Jenner nacque a Chatham il 30 gennaio 1815, e fu educato allo University College di Londra. Divenne membro del Royal College of Surgeons of England (M.R.C.S.) nel 1837, Fellow del Royal College of Physicians (F.R.C.P.) nel 1852, e nel 1844 prese il London M.D.

Nel 1847 iniziò al London Fever Hospital le indagini sui casi di febbre continua che gli permisero finalmente di fare la distinzione tra tifo e tifo su cui poggia principalmente la sua reputazione di patologo, pubblicando il suo libro “On the Identity or Non-Identity of Typhoid and Typhus Fever” nel 1850. Nel 1849 fu nominato professore di anatomia patologica all’University College, e anche assistente medico all’University College Hospital, dove in seguito divenne medico (1854-1876) e medico consulente (1879), oltre ad avere incarichi simili in altri ospedali. Fu anche successivamente professore Holme di medicina clinica e professore dei principi e della pratica della medicina all’University College di Londra.

Fu eletto presidente della Società Epidemiologica nel 1866-1868, della Società Patologica nel 1873-1875 e della Società Clinica nel 1875. Fu presidente del Royal College of Physicians dal 1881 al 1888 dove aveva tenuto le Goulstonian Lectures nel 1853. Fu eletto Fellow della Royal Society (F.R.S.) nel 1864 e ricevette lauree honoris causa dall’Università di Oxford, dall’Università di Cambridge e dall’Università di Edimburgo. Nel 1861 fu nominato medico straordinario (Q.H.P.), e nel 1862 medico ordinario della regina Vittoria, e nel 1863 medico ordinario del principe di Galles; assistette sia il principe consorte che il principe di Galles nei loro attacchi di febbre tifoidea. Nel 1868 fu creato baronetto.

Come consulente, Sir William Jenner aveva una grande reputazione, e ha lasciato una grande fortuna quando morì, a Bishops Waltham, Hants, l’11 dicembre 1898, dopo essersi ritirato dalla pratica per otto anni a causa di una salute carente. Aveva sposato nel 1858 Adela Lucy Leman, la figlia di Stephen Adey, con la quale ebbe cinque figli e una figlia. Il suo figlio più giovane, Leopold, era un ufficiale dell’esercito decorato della prima guerra mondiale.