Questo capitolo descrive il riconoscimento dei tRNA da parte delle aminoacil-tRNA sintetasi. La selezione altamente specifica dei substrati di tRNA da parte delle aminoacil-tRNA sintetasi è un problema intrigante nel riconoscimento di RNA-proteine. Le sintetasi specifiche per ciascuno dei 20 aminoacidi incontrano un pool di tRNA nella cellula con strutture generali simili. La selezione dei tRNA appropriati per l’attacco di ogni amminoacido avviene tramite la formazione di contatti RNA-proteina unici per ogni coppia tRNA-sintetasi cognata. I siti nei tRNA che regolano queste interazioni sono stati studiati da una varietà di tecniche discusse nel capitolo, come i saggi della specificità amminoacidica-accettrice del tRNA. Il ruolo dell’anticodone nel riconoscimento, il ruolo dell’accettore Stem e della base discriminante, e il ruolo delle basi modificate è discusso nel capitolo. L’anticodone non è richiesto per il riconoscimento di tRNAAIa, e possibilmente tRNASer; questi e tutti gli altri tRNA di E. coli probabilmente contengono elementi di identità nell’anticodone che sono cruciali per la discriminazione dei tRNA cognati e non riconosciuti dalle sintetasi in vivo. Inoltre, un certo numero di tRNA di E. coli contengono importanti elementi di riconoscimento per le loro sintetasi cognate nel gambo dell’accettore e/o nel sito discriminatore.