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Che cos’è il WPRE?

L’elemento regolatore post-trascrizionale del virus dell’epatite di Woodchuck (WHP) è una sequenza di DNA che, quando viene trascritta, crea una struttura terziaria che migliora l’espressione. Comunemente usato in biologia molecolare per aumentare l’espressione dei geni consegnati da vettori virali. Il WPRE è un elemento regolatore tripartito con componenti gamma, alfa e beta. La componente alfa è lunga 80 bp:

GCCACGGCGGAACTCATCGCCGCCTGCCTTGCCCTGCTGTGGACAGGGGCTCTGTTGGGCACTGACAATTCCGTGGT

Utilizzato da solo senza le componenti WPRE gamma e beta, la componente alfa è attiva solo al 9% come il WPRE tripartito completo. La sequenza per la WPRE tripartita completa è la seguente.
TCGACAATCAACCTCTGGATTACAAAATTTGTGAAAGATTGACTGGTATTCTTAACTATGTTGCTCCTTTTACGCTATGTGGATACGCTGCTTTAATGCCTTTGTA
TCATGCTATTGCTTCCCGTATGGCTTTCATTTTCTCCTCCTTGTATAAATCCTGGTTGCTGTCTCTTTATGAGGAGTTGTGGCCCGTTGTCAGGCAACGTGGCGTG
GTGTGCACTGTGTTTGCTGACGCAACCCCCACTGGTTGGGGCATTGCCACCACCTGTCAGCTCCTTTCCGGGACTTTCGCTTTCCCCCTCCCTATTGCCACGGCGG
AACTCATCGCCGCCTGCCTTGCCCGCTGCTGGACAGGGGCTCGGCTGTTGGGCACTGACAATTCCGTGGTGTTGTCGGGGAAGCTGACGTCCTTTCCATGGCTGCT
CGCCTGTGTTGCCACCTGGATTCTGCGCGGGACGTCCTTCTGCTACGTCCCTTCGGCCCTCAATCCAGCGGACCTTCCTTCCCGCGGCCTGCTGCCGGCTCTGCGG
CCTCTTCCGCGTCTTCGCCTTCGCCCTCAGACGAGTCGGATCTCCCTTTGGGCCGCCTCCCCGCCTG

Questa sequenza ha il 100% di omologia con le coppie di basi da 1093 a 1684 del genoma del virus dell’epatite B Woodchuck (WHV8). Quando viene utilizzata nella 3′ UTR di una cassetta di espressione per mammiferi, può aumentare significativamente la stabilità dell’mRNA e la resa della proteina.