Un processo critico nello sviluppo embrionale è l’attivazione e la localizzazione spaziale di mRNAs a specifiche cellule e territori dell’embrione. Rivelare la distribuzione spaziale degli mRNA e come cambia durante lo sviluppo è un’informazione vitale che aiuta a capire i geni di segnalazione e regolazione che guidano specifiche reti di regolazione genica. In laboratorio, un metodo economico e affidabile per determinare la distribuzione spaziale degli mRNA negli embrioni è l’ibridazione in situ. Questo metodo sensibile e semplice impiega sonde di RNA antisenso esogene per trovare sequenze specifiche e complementari in embrioni fissi. Le sostanze antigeniche coniugate ai ribonucleotidi incorporati nella sonda reagiscono in modo incrociato con gli anticorpi, e numerosi metodi di colorazione possono essere successivamente impiegati per rivelare la distribuzione spaziale dell’mRNA mirato. La qualità dei dati prodotti da questo metodo è equivalente all’esperienza del ricercatore, e quindi una comprensione approfondita dei numerosi passaggi che compongono questo metodo è importante per ottenere dati di alta qualità. Qui compiliamo e riassumere diversi protocolli che sono stati impiegati principalmente su cinque specie di ricci di mare in numerosi laboratori di tutto il mondo. Mentre i protocolli possono variare per le diverse specie, i passaggi generali sono simili e possono essere facilmente padroneggiati. Se intrapresa correttamente e con attenzione, l’ibridazione in situ è un potente strumento che fornisce dati non ambigui per i quali non esiste attualmente un sostituto paragonabile e continuerà ad essere un metodo importante nell’era dei big data e oltre.