Exploring Genomic Relations at the Gene and SNP Level Through Enrichment, Similarity and Network Analysis

Det centrala målet med XGR är att tillhandahålla ett system för datatolkning. Det är utformat för att göra en användardefinierad gen- eller SNP-lista mer tolkningsbar genom ett omfattande utnyttjande av ontologi- och nätverksinformation för att avslöja relationer och öka möjligheterna till biologisk upptäckt. XGR är unikt eftersom det stöder ett brett utbud av ontologier (inklusive kunskap om biologiska och molekylära funktioner, vägar, sjukdomar och fenotyper – hos både människor och möss) och olika typer av nätverk (inklusive funktionella, fysiska och väginteraktioner). Det finns två centrala funktioner i XGR. Den första är grundläggande infrastrukturer för enkel tillgång till inbyggda ontologier och nätverk. Den andra är utbyggbara funktioner, som nu omfattar 1) berikningsanalys med hjälp av antingen inbyggda eller egna ontologier, 2) likhetsanalys för att beräkna semantisk likhet mellan gener (eller SNP) baserat på deras ontologiannotationsprofiler, och 3) nätverksanalys för identifiering av gennätverk med hjälp av en frågelista över (signifikanta) gener eller SNP:er. Tillsammans med sin webbapplikation syftar XGR till att tillhandahålla ett användarvänligt verktyg för att utforska genomiska relationer på gen- och SNP-nivå.