Sievers ställdes inför rätta under läkarrättegången i Nürnberg efter andra världskrigets slut, där han kallades ”nazisternas blåskägg” av journalisten William L. Shirer på grund av sitt ”tjocka, bläcksvarta skägg”. Institutet för militärvetenskaplig forskning hade inrättats som en del av Ahnenerbe, och åklagaren i Nürnberg lade ansvaret för de experiment på människor som hade utförts i dess regi på Ahnenerbe. Sievers anklagades i egenskap av dess högsta administrativa tjänsteman för att aktivt ha hjälpt och främjat de kriminella experimenten.

Sievers anklagades för att vara medlem i en organisation som förklarats kriminell av den internationella militärtribunalen (SS), och var inblandad i begångna krigsförbrytelser och brott mot mänskligheten. I sitt försvar hävdade han att han redan 1933 hade varit medlem av en antinazistisk motståndsrörelse som planerade att mörda Hitler och Himmler, och att han hade fått sin utnämning till chef för Ahnenerbe för att komma nära Himmler och observera hans rörelser. Han hävdade vidare att han stannade kvar på posten på inrådan av sin motståndsledare för att samla in viktig information som skulle bidra till att störta den nazistiska regimen.

Sievers dömdes till döden den 20 augusti 1947 för brott mot mänskligheten, och hängdes den 2 juni 1948 i Landsbergsfängelset i Bayern.