Under det amerikanska revolutionskriget stred William Flora under överste William Woodford i Virginias statliga styrkor i slaget vid Great Bridge i december 1775, där han allmänt anses vara den patriotiska hjälten i slaget. En vakt vid bron rapporterade att han var den siste att gå över när britterna ryckte fram. Flora drog sig tillbaka från sin post under kraftig eldgivning från den brittiska linjen när han slet upp en planka från bron. Detta gjorde det omöjligt för britterna att korsa bron under beskjutning från patrioterna. Britterna tvingades därför dra sig tillbaka till sina fartyg. Det enda dödsfallet, en soldat med en skadad tumme, på den amerikanska sidan överlevde, vilket talar mycket väl för William Flora och hans mod.

Enligt kontinentala arméns mönstrings- och löneförteckningar tjänstgjorde William Flora i november 1776 under ”kapten William Grymes kompani i 15:e Virginiaregementet”, som deltog i slaget vid Brandywine och Germantown 1777 och i slaget vid Monmouth 1778. Medan han tillsammans med sina kamrater befann sig i South Carolina undvek Flora att bli tillfångatagen av britterna under belägringen av Charleston 1780, där majoriteten av regementet tillfångatogs. Under kriget, eftersom enheten fortsatte att bli mindre, konsoliderades den till 11th Virginia Regiment och slutligen till 5th Virginia Regiment, fram till krigsslutet. Flora deltog också i slaget vid Yorktown 1781.