Brandfartyg var ett välkänt koncept för blockadbrytning. Ett fartyg lastades med sprängämnen och släpptes fritt för att driva in i fiendens flotta och exploderade vid kontakt. Branddykaren var planerad att fungera enligt en liknande princip: den skulle dyka under ett fientligt fartyg, fästa en elektriskt utlöst mina på skrovet och fly och tända minan från ett säkert avstånd. Mer eller mindre samma teknik användes av alla militära ubåtskonstruktioner från den tiden, som Julius Kröhls Explorer, U.S.S. Alligator av Brutus de Villeroi och den berömda Hunley, som blev den första ubåt som sänkte ett fiendefartyg.

När modellen av ubåten, som Bauer själv byggde, visade sig fungera, fick han tillräckligt med pengar för att bygga en ubåt i full skala. Men de militära myndigheterna var fortfarande till stor del emot Bauers plan och tvingade Bauer att ändra sina konstruktioner för att minska kostnaderna.

Den färdiga Brandtaucher, som byggdes av August Howaldt från det senare Howaldtswerke, var 28 fot lång och vägde cirka 70 000 pund. Eftersom det vid den tiden inte fanns något lämpligt mekaniskt kraftsystem att tillgå drevs ubåten av två sjömän som med händer och fötter vred på ett stort tramphjul. Den tredje besättningsmedlemmen, kaptenen, var placerad vid ubåtens akter. Hans uppgift var att sköta rodret och andra kontroller. När kaptenen hade anlänt under målfartyget skulle han sträcka ut handen genom en gutta percha-handske (gummihandske) som var fäst i en öppning i skrovet, ta tag i minan som fanns inom räckhåll på ubåtens skrov och fästa den på målet.

Om Brandtaucher hade byggts enligt Bauers ursprungliga ritningar skulle den ha uppnått nedsänkning genom att fylla flera tankar med havsvatten. Men i den ändrade versionen skulle själva fartyget delvis översvämmas med vatten, vilket gjorde ubåten farligt instabil. Även skrovets tjocklek och pumparnas dimensioner måste minskas kraftigt.

De första försöken med ubåten ägde rum i december 1850. Trots att Bauer ville göra flera förbättringar av ubåten beordrade militären en offentlig uppvisning den 1 februari 1851.

Denna offentliga uppvisning slutade nästan i en katastrof. Efter att ha nått ett djup på 30 fot började farkosten lägga sig vid aktern. När ubåten sjönk ner kunde de tunna väggarna inte längre stå emot vattentrycket och började spricka. Vattentrycket visade sig vara för mycket för de svaga pumparna och propellerhjulet skadades när farkosten började kälka. Ubåten sjönk långsamt till botten av Kielhamnen. I sex timmar var Bauer och hans sjömän tvungna att vänta i den sjunkna farkosten tills tillräckligt mycket vatten hade sipprat in. Detta ökade lufttrycket i ubåten och till slut kunde männen öppna den blockerade luckan. Eftersom ubåten förblev begravd på havsbotten kom besättningen upp till ytan oskadd. Detta var den första ubåtsflykt som bevittnades och rapporterades.

Den sjunkna ubåten lyftes upp 1887 och kan nu besökas på det militärhistoriska museet i Dresden, Tyskland (Militärhistorisches Museum der Bundeswehr).