Flytta till väst

Nästa vändpunkt för Stanley kom genom en annan tillfällig omständighet. Gordon Sproul, rektor för University of California, letade efter en man som skulle leda en ny biokemisk avdelning i Berkeley. Han och Stanley träffades när deras flygplan fick flygförbud på grund av dimma, och de kom i princip överens om en gemensam framtid. Att Kaliforniens lagstiftare skapade ett separat forskningslaboratorium, Virus Laboratory, var en del av överenskommelsen. År 1948 flyttade Stanley till Berkeley och lyckades under de följande fem åren bemanna både biokemiavdelningen och viruslaboratoriet.

Stanleys intresse hade gått från växtvirus till mänskliga patogener, särskilt influensavirus. Under andra världskriget var hans främsta mål att utveckla ett vaccin mot detta virus. På Berkeley fortsatte forskningen om växt-, bakterie- och djurvirus; Stanleys största intresse gällde djurvirus, med poliomyelit i fokus. Under senare år vände sig hans intresse mer mot tumörframkallande virus. Flera av dessa hade beskrivits ha framkallat tumörer hos kycklingar eller kaniner som liknade mänskliga maligna tumörer. Tron att många eller alla maligna tumörer kunde bero på virus fick en ny förespråkare och profet i Stanley. Denna aspekt av hans karriär fick ett krönande erkännande när han var ordförande för den tionde internationella cancerkongressen 1970.

Stanley fick många utmärkelser och utmärkelser. Förutom Nobelpriset i kemi 1946, som han delade med John Northrop och James Sumner, fanns ett Presidential Certificate of Merit och Franklinmedaljen 1948, ett pris från American Cancer Society 1959 och över ett dussin hedersdoktorer. Stanley gick i pension som chef för viruslaboratoriet 1969. Han avled i Salamanca, Spanien, den 15 juni 1971.