BackgroundEdit

I Kanadas Saint Elias Mountains upptäcker ett expeditionsteam en frusen utomjordisk kropp. Professor Arlinsky, lagets ledare, skickar iskärnor som innehåller förmodat utomjordiskt DNA till Fox Mulder (David Duchovny). Både Mulder och Dana Scully (Gillian Anderson) möter så småningom Michael Kritschgau (John Finn), en anställd vid försvarsdepartementet som hävdar att allt Mulder tror att han vet om utomjordingar är en lögn. Kritschgau berättar för Mulder att hans syster Samanthas bortförande var påhittat, att alla bevis på utomjordisk biologi bara är vetenskapliga anomalier och att den utomjordiska kropp som upptäcktes i Kanada var en förfalskning. Han hävdar också att hela mytologin om utomjordingar är en bluff som den amerikanska regeringen har skapat som en täckmantel för det militärindustriella komplexet. Mulder är upprörd över dessa påståenden och förlorar sin tro. Senare undersöker FBI Mulders uppenbara självmord. Scully bekräftar den osynliga kroppens identitet.

ReduxEdit

Som en förtvivlad Mulder sitter i sin lägenhet får han ett telefonsamtal från Kritschgau, som berättar att ”de” kanske lyssnar. Mulder upptäcker ett litet hål i taket, rusar uppför trappan, bryter sig in i lägenheten ovanför sin och dödar den regeringsanställde Scott Ostelhoff. Han berättar för Scully om händelsen och berättar för henne att Ostelhoff hade ringt många samtal till FBI. Byrån undersöker situationen och hittar Ostelhoffs kropp, men de tror att det är en självmordsbenägen Mulders kropp. Scully identifierar kroppen felaktigt och möts av biträdande direktör Walter Skinner (Mitch Pileggi), som berättar för henne att sektionschefen Scott Blevins (Charles Cioffi) letar efter henne. Hon träffar Blevins och hans panel och berättar för dem om de tidigare incidenterna som ledde till Mulders uppenbara självmord.

När Mulder bryter sig in på försvarsdepartementet söker den rökande mannen (William B. Davis) igenom hans lägenhet i tron att han inte är död. Scully gör lite forskning i Ostelhoffs register och kommer fram till att han ringde till Skinner. Under tiden hittar Mulder ett rum med falska utomjordiska kroppar och följer en tunnel till Pentagon, där han hittar ett stort bevisrum. Mulder spårar slutligen upp en liten metallflaska som han tror kan innehålla ett botemedel mot Scullys cancer. Scully förklarar för FBI-panelen att Mulder var ett offer för en utstuderad konspiration och att hon fick en dödlig sjukdom av någon i rummet. När hon ska presentera sina bevis blöder hennes näsa och hon kollapsar. Mulder tar med sig flaskan till Lone Gunmen, som berättar att det inte är ett botemedel, utan bara avjoniserat vatten.

Redux IIEdit

Efter att ha hört att Scully kollapsat anländer Mulder till sjukhuset där hon behandlas. Innan han hinner ta kontakt med henne blir han kvarhållen av Skinner och två FBI-agenter. Mulder förs sedan till Blevins och en högre agent som kräver information om varför Scully ljög om hans död. Efter mötet berättar Mulder för Skinner att en förrädare inom FBI gav Scully sin cancer. Under tiden försöker Rökmannen övertyga First Elder (Don S. Williams) om att Mulder kommer att ansluta sig till deras sida om han får en god anledning att göra det.

Mulder berättar senare för Scully att han vill avslöja konspirationen för allmänheten. När han går träffar han den rökande mannen, som hävdar att han kan bota Scully genom att använda ett chip inuti Mulders stulna flaskan. Under tiden går Kritschgau inför FBI-panelen och förnekar all kännedom om Ostelhoffs mördare och avslöjar också att hans son dog samma morgon. Han hävdar att han inte bara arbetar för försvarsdepartementet utan även för ett lobbyföretag i kongressen som heter Roush. Mulder berättar för Scully och hennes läkare om chipet. Scullys familj är skeptisk, särskilt hennes bror Bill. Scully bestämmer sig för att gå vidare och få chipet insatt i halsen.

Rökaren ordnar ett möte med Mulder på en närliggande diner. Där träffar Mulder sin syster Samantha, som kallar Rökmannen för sin ”far”. Samantha hävdar att hon inte minns något om sitt bortförande och är ovillig att stanna eller berätta för Mulder var han kan hitta henne. Nästa dag erbjuder Rökmannen Mulder sanningen om han slutar på FBI och arbetar för honom, men Mulder vägrar. Mulder träffar senare Blevins, som hävdar att han har bevis för att Skinner undanhöll information om Ostelhoffs död. Blevins säger till Mulder att han kan hjälpa honom om han namnger Skinner som förrädare inom FBI. Senare träffar Mulder Scully och berättar för henne att han tänkte göra affären med den rökande mannen, men att han inte kommer att göra det efter mötet med Blevins. Trots Scullys böner vägrar han att förråda Skinner.

Mulder framträder inför FBI-panelen medan en beväpnad Quiet Willy följer efter Rökmannen. Mulder berättar för panelen om konspirationen mot honom och Scully. På frågor från Blevins och den äldre agenten om huruvida han dödade Ostelhoff, namnger Mulder istället Blevins som förrädare. Den rökande mannen, som tittar på en bild av en ung Mulder och Samantha, skjuts av Quiet Willy. Blevins dödas av den äldre agenten på hans kontor, som iscensätter det som ett självmord. På sjukhuset berättar Skinner för Mulder att Rökmannen är död, även om hans kropp inte har hittats. Mulder erkänner att han gissade när han namngav Blevins, som Skinner avslöjar stod på Roushs lönelista. Mulder berättar för Skinner att Scullys cancer har gått i remission.