I 2002 identifierades mutationer i den X-bundna aristaless-relaterade homeobox-genen (ARX; Xp21.3) hos personer med XLAG och hos några av deras kvinnliga släktingar. Mouse Arx och human ARX uttrycks starkt i både dorsalt och ventralt telencefalon, inklusive den neokortikala ventrikulära zonen och den germinala zonen i den ganglionära eminensen, med mindre intensiva signaler i den subventrikulära zonen, den kortikala plattan, hippocampus, basala ganglier och ventral thalamus. Arx-deficienta möss uppvisade bristfällig tangentiell migration och onormal differentiering av GABAergic interneuroner i den ganglionära eminensen och neocortex, samt onormal testikeldifferentiering. Dessa egenskaper omfattar några av de kliniska dragen av XLAG hos människor. ARX-mutationerna hos XLAG-patienterna var övervägande mutationer med för tidig avslutning (stora deletioner, frameshift, nonsense-mutationer, mutationer på skarvningsställen), medan missense-mutationerna var mindre vanliga och huvudsakligen lokaliserade i homeobox-domänen. Patienter som bär på icke-konservativa missense-mutationer inom homeoboxen, uppvisade mindre allvarlig XLAG, medan konservativ substitution i homeodomänen orsakade Prouds syndrom (ACC med onormala genitalier). En icke-konservativ missense-mutation nära den C-terminala aristaless-domänen orsakade ovanligt allvarlig XLAG med mikrocefali och mild cerebellär hypoplasi. ARX-mutationerna är också förknippade med ett spektrum av mildare fenotyper utan makroskopiska missbildningar i hjärnan, t.ex. X-linked infantile spasmer, ett syndrom med mental retardation i samband med distala dystoniska rörelser (Partington-syndromet; se denna term), autistiska drag och icke-syndromiskt intellektuellt underskott.