Subsets van WoRMS-inhoud worden beschikbaar gesteld, en kunnen een aparte badging en eigen startpagina’s hebben, als “subregisters”, zoals de World List of Marine Acanthocephala, World List of Actiniaria, World Amphipoda Database, World Porifera Database, enzovoort. In december 2018 waren er 60 van dergelijke taxonomische subregisters, waaronder een aantal dat momenteel in aanbouw is. Een tweede categorie subregisters omvat regionale soortendatabases zoals het Afrikaans Register van mariene soorten, het Belgisch Register van mariene soorten, enz., terwijl een derde thematische subsets omvat zoals het Wereldregister van diepzeesoorten (WoRDSS), Wereldregister van geïntroduceerde mariene soorten (WRiMS), enz. In al deze gevallen worden de basisgegevens slechts eenmaal ingevoerd en bijgehouden als onderdeel van het WoRMS-gegevenssysteem om het onderhoud en de consistentie van de gegevens te vergemakkelijken, en worden ze indien nodig opnieuw weergegeven in de context van het relevante subregister of de relevante subregisters waartoe ze ook kunnen behoren.

Zekere subregisters breiden de inhoud uit tot buiten het oorspronkelijke “mariene” concept van WoRMS door zoetwater- of terrestrische taxa op te nemen voor de volledigheid in hun aangewezen interessegebied; dergelijke records kunnen worden uitgesloten van een standaardzoekopdracht in WoRMS door de juiste opties in de onlinezoekinterface te selecteren.