Hämta ett konto

För att begära ett konto i beräkningsklustret HTCF, skicka ett e-postmeddelande för mer information.

Access

Användning av HTCF:s inlämningsnod

Inloggningsservern är htcf.wustl.edu

~$ ssh [email protected]

Om du använder en X-server lokalt kan du ansluta med -Y för vissa grafiska program. när du väl är inloggad kan du skapa en interaktiv arbetsyta eller skicka in batchjobb.

Data & Datalagring

Hemkataloger

Varje HTCF-användarkonto har en hemkatalog på 20 GB. Denna katalog kan användas för att lagra skript, utvecklingsverktyg osv. Hemmakataloger finns i ”/home/WUSTL_KEY_ID” och är tillgängliga på alla noder. De förvaras på feltolerant lagringsutrymme och täta snapshops görs ofta för att förhindra oavsiktlig dataförlust. Kopior av de senaste dagliga ögonblicksbilderna förvaras utanför anläggningen för katastrofåterställning.

Långtidslagring

LTS används för att lagra råa och ”färdiga” projektdata. LTS-katalogerna är inte tillgängliga på klusternoderna. Långtidslagring är projektutrymme för labbprojekt, som är tillgängligt i terabyte-steg. Det förvaras på feltolerant lagring med snapshops. Kopior av de senaste dagliga ögonblicksbilderna förvaras utanför anläggningen för katastrofåterställning.

Höggenomströmningslagring

HTCF-höggenomströmningslagring är ett stort, distribuerat filsystem som kan hantera mer än 6 GB/sekund av total genomströmning. HTS är skraputrymme och säkerhetskopieras inte. Lagring med hög genomströmning är tillfällig. Vi kan absolut inte återställa något i /scratch när det väl är borttaget.

*Data som lagras i /scratch omfattas av policyn för rengöring av scratchdata.

Mer information finns på vår sida för datalagring &

Mjukvara

Lista över den programvara som finns tillgänglig på HTCF

module avail

För att ladda programvaran:

module load bowtie2

För att beställa ytterligare programvarumoduler, vänligen kontakta oss.

Mer information finns på vår programvarusida

GUI-programvara

Då HTCF i första hand är ett batchkösystem för behandling av stora datamängder med hög genomströmning, stöds inte GUI-applikationer direkt av HTCF. Installation och inställning av GUI-program på HTCF överlåts till slutanvändaren.

Arbetsflöde

Jobb följer vanligtvis ett generiskt arbetsflöde. Mellanliggande data som genereras i steg B tas bort

Partitioner

Jobb

Interaktiv

Interaktiva sessioner är avsedda att köra interaktiva skript, Viualisering, alla uppgifter som är för beräkningskrävande för att köras på inloggningsnoden och som inte skickas in via sbatch. Standardvärdena är: Standardvärdena är 1 CPU-kärna, 1 GB RAM och en tidsgräns på 8 timmar.

Du kan skapa en interaktiv session genom att köra:

~$ interactive

eller du kan ändra följande kommando så att det passar dina behov:

srun --mem=2000 --cpus-per-task=1 -J interactive -p interactive --pty /bin/bash -l

Batch Job Submission

• Determinera resurser
• Skapa jobbfil
• Skapa sbatchfil med erforderliga resurser
• Submit
• Monitor

Sbatch Examples

Skapa ett jobbskript (myjob.sbatch):

#!/bin/bash#SBATCH --cpus-per-task=1#SBATCH --mem=1Gml programprogram /scratch/lab/files/ABC.fasta /scratch/lab/files/ABC.out

Sänd sbatch-skriptet.

sbatch myjob.sbatch

Se jobbet i kön

user@htcf:~$ squeueJOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON)106 debug example example R 0:13 1 n067

GPU:er

HTCF har för närvarande ett litet antal NVIDIA Tesla V100 GPU:er.

En GPU kan nås med hjälp av följande slurm-parametrar:

#SBATCH -p gpu#SBATCH --gres=gpu