En kritisk process i embryonalutvecklingen är aktiveringen och den rumsliga lokaliseringen av mRNA till specifika celler och områden i embryot. Att avslöja den rumsliga fördelningen av mRNAs och hur den förändras under utvecklingen är en viktig information som hjälper till att förstå de signal- och regleringsgener som driver specifika genreglerande nätverk. I laboratoriet är in situ-hybridisering en kostnadseffektiv och tillförlitlig metod för att fastställa den rumsliga fördelningen av mRNA i embryon. Denna känsliga och enkla metod använder exogena antisense RNA-sonder för att hitta specifika och komplementära sekvenser i fixerade embryon. Antigena delar som är konjugerade till de ribonukleotider som ingår i sonden korsreagerar med antikroppar, och många färgningsmetoder kan därefter användas för att avslöja den rumsliga fördelningen av det mRNA som är målet. Kvaliteten på de data som produceras med denna metod är likvärdig med forskarens erfarenhet, och därför är det viktigt att ha en grundlig förståelse för de många steg som ingår i denna metod för att erhålla data av hög kvalitet. Här sammanställer och sammanfattar vi flera protokoll som huvudsakligen har använts på fem arter av sjöborrar i många laboratorier runt om i världen. Även om protokollen kan variera för de olika arterna är de övergripande stegen likartade och kan lätt behärskas. När in situ-hybridisering genomförs på rätt sätt och med omsorg är den ett kraftfullt verktyg som ger entydiga uppgifter för vilka det för närvarande inte finns något jämförbart substitut, och den kommer att fortsätta att vara en viktig metod i den tid som kännetecknas av stora datamängder och därefter.