Az 1990-es években végzett két további vizsgálat vegyes eredményeket hozott. Az egyik a Sanders és munkatársai független kutatócsoportja által 1998-ban 54 meleg testvérpáron végzett X-kromoszóma-kapcsolódási elemzés volt. A vizsgálat eredményei nem különböztek a Hu és munkatársai által végzett vizsgálat eredményeitől: mindkettő arról számolt be, hogy a maximális megosztás kromoszómális helye a DXS1108 lókusz volt, és mindkettő hasonló mértékű allélmegosztásról számolt be (66% versus 67%). A Rice és munkatársai által 1999-ben végzett második tanulmány 52 kanadai meleg testvérpárt vizsgált, és nem találtak statisztikailag szignifikáns kapcsolatot az allélok és a haplotípusok között. Következésképpen arra a következtetésre jutottak, hogy az Xq28 régióban található bármely génnek nincs nagy genetikai hatása a férfiak szexuális irányultságára (bár nem tudták kizárni annak lehetőségét, hogy egy génnek ebben a régióban van egy kis hatása). Rice és munkatársai azt is állították, hogy eredményeik nem zárják ki annak lehetőségét, hogy a genomban máshol is találhatók a férfi homoszexualitás génjei. Hamer bírálta a tanulmányt, amiért nem az anyai öröklődés alapján választották ki a családokat a vizsgálati populációjukba, mivel az Xq28-as kapcsolódás kimutatásához csak olyan családok kiválasztása szükséges, amelyekben az anyai meleg rokonok túlsúlyban vannak. Az akkoriban rendelkezésre álló összes adat metaanalízise (pl, Hamer et al. (1993), Hu et al. (1995), Rice et al. (1999), valamint Sanders et al. 1998-as, nem publikált tanulmánya) azt mutatta, hogy az Xq28 jelentős, de nem kizárólagos szerepet játszik a férfiak szexuális orientációjában.

A metaanalízis szerzői (akik között három szerző a Rice et al. Rice, Risch és Ebers tanulmányát) több módszertani okot is bemutattak, amelyek miatt Rice et al. (1999) nem tudott statisztikailag szignifikáns kapcsolatot kimutatni az Xq28 és a férfi szexuális orientáció között: a Rice et al. nem voltak reprezentatívak, mivel az anyai rokonok helyett túl sok volt az apai meleg rokon, ami elhomályosította az X-kromoszómás kapcsolat megjelenését; a mintájuk statisztikai ereje nem volt elegendő a kapcsolat megfelelő kimutatásához, és nem voltak határozott kritériumok arra vonatkozóan, hogy mi minősül homoszexualitásnak (a kutatók saját megítélésükre támaszkodtak, és megítélésüket néha egyetlen, az alanyhoz intézett kérdésre alapozták). Hiányoztak továbbá a kritériumok “a megfelelő családok kiválasztásához a feltételezett X-kapcsolt lókusz vizsgálatához” – mivel nem a homoszexualitás anyai átörökítésének jelenléte alapján választották ki a családokat, az Xq28 hozzájárulása a férfiak szexuális irányultságához rejtve maradhatott. Ezenkívül a metaanalízis kimutatta, hogy a Rice és munkatársai (1999) családi törzskönyvi adatai – a genotipizálási adatokkal ellentétben – a homoszexualitás X-kromoszómához való kapcsolódását látszottak alátámasztani.

2012-ben több független kutatócsoport végzett egy nagy, átfogó, az egész genomra kiterjedő, a férfi szexuális orientációra vonatkozó kapcsolódási vizsgálatot. A vizsgálati populációban 384 családból származó 409 független meleg testvérpár szerepelt, akiket több mint 300 000 egynukleotid-polimorfizmus markerrel elemeztek. A vizsgálat kétpontos és többpontos (MERLIN) LOD score-térképezéssel igazolta az Xq28 homoszexualitáshoz való kapcsolódását. Szignifikáns kapcsolódást észleltek a 8. kromoszóma centromerjéhez közeli régióban is, amely átfedésben van a Hamer-laboratórium korábbi genomszerte végzett kapcsolódási vizsgálatában észlelt egyik régióval. A szerzők arra a következtetésre jutottak, hogy “eredményeink a korábbi munkákkal összefüggésben arra utalnak, hogy a genetikai variáció e régiók mindegyikében hozzájárul a férfi szexuális orientáció fontos pszichológiai tulajdonságának kialakulásához”. Ez volt az eddigi legnagyobb tanulmány a homoszexualitás genetikai alapjairól, és 2014 novemberében jelent meg online.

2019 augusztusában egy 493 001 egyént vizsgáló genom-széles körű asszociációs vizsgálat arra a következtetésre jutott, hogy több száz vagy ezer genetikai variáns áll a homoszexuális viselkedés hátterében mindkét nemnél, és különösen 5 variáns állt szignifikáns kapcsolatban. Kijelentették, hogy ellentétben a linkációs vizsgálatokkal, amelyek a szexuális orientáció és az X-kromoszómán található változatok közötti jelentős összefüggést találtak, az Xq28-on vagy az X-kromoszóma többi részén nem találtak többlet jelet (és nem találtak egyedi genom-szerte szignifikáns változatokat).