Sievers ellen a második világháború végét követő nürnbergi orvosperben indult eljárás, ahol William L. Shirer újságíró “vastag, tintafekete szakálla” miatt “a náci Kékszakállúnak” nevezte. A Katonai Tudományos Kutatóintézetet az Ahnenerbe részeként hozták létre, és a nürnbergi vádhatóság az Ahnenerbe-re hárította a felelősséget az intézet égisze alatt végzett emberkísérletekért. Sievers-t, mint annak legfőbb igazgatási tisztjét, azzal vádolták, hogy aktívan segítette és elősegítette a bűnös kísérleteket.

Sievers-t azzal vádolták, hogy tagja volt a Nemzetközi Katonai Törvényszék által bűnösnek nyilvánított szervezetnek (az SS-nek), és háborús és emberiség elleni bűnök elkövetésével vádolták. Védelmében azt állította, hogy már 1933-ban tagja volt egy náciellenes ellenállási mozgalomnak, amely Hitler és Himmler meggyilkolását tervezte, és hogy azért kapta meg az Ahnenerbe vezetői kinevezését, hogy Himmler közelébe kerülhessen és megfigyelhesse mozgását. Azt állította továbbá, hogy ellenállási vezetője tanácsára maradt a posztján, hogy olyan létfontosságú információkat gyűjtsön, amelyek segíthetnek a náci rendszer megdöntésében.

Sievers-t 1947. augusztus 20-án emberiesség elleni bűnök miatt halálra ítélték, és 1948. június 2-án a bajorországi Landsberg börtönében felakasztották.