1910 januárjában Pankejeffet orvosa Bécsbe vitte, hogy Freudnál kezeltesse magát. Pankejeff és Freud 1910 februárja és 1914 júliusa között többször találkoztak egymással, majd ezt követően még néhányszor, többek között 1919-ben egy rövid pszichoanalízisre is sor került. Pankejeff “idegi problémái” közé tartozott, hogy nem tudott beöntés nélkül bélmozgást végezni, valamint legyengült depresszióval küszködött. Freud szerint Pankejeff kezdetben ellenállt a teljes analízisre való megnyílásnak, mígnem Freud egyéves határidőt adott neki az analízisre, ami arra késztette Pankejeffet, hogy feladja ellenállását.

Freud első publikációja a “Farkasemberről” az 1914 végén írt, de csak 1918-ban megjelent “Egy infantilis neurózis történetéből” (Aus der Geschichte einer infantilen Neurose). Freud Pankejeffel való foglalkozásának középpontjában egy álom állt, amelyet ez utóbbi nagyon fiatal gyermekként látott, és amelyet Freudnak így írt le:

“Azt álmodtam, hogy éjszaka van, és hogy az ágyban fekszem. (Az ágyam az ablak felé állt a lábával; az ablak előtt egy sor öreg diófa állt. Tudom, hogy tél volt, amikor álmodtam, és éjszaka). Hirtelen magától kinyílt az ablak, és rémülten láttam, hogy az ablak előtti nagy diófán fehér farkasok ülnek. Hatan vagy heten voltak. A farkasok egészen fehérek voltak, és inkább rókákra vagy juhászkutyákra hasonlítottak, mert nagy farkuk volt, mint a rókáknak, és a fülüket hegyezték, mint a kutyák, ha valamire felfigyelnek. Nagy rémületemben, nyilvánvalóan attól, hogy felfalnak a farkasok, felsikoltottam és felébredtem. A dajkám az ágyamhoz sietett, hogy megnézze, mi történt velem. Elég sokáig tartott, mire meggyőződtem róla, hogy ez csak álom volt; olyan tiszta és élethű képet láttam az ablaknyílásról és a fákon ülő farkasokról. Végül megnyugodtam, úgy éreztem, mintha megmenekültem volna valami veszélytől, és újra elaludtam.” (Freud 1918)

Freud végül (Pankejeff közreműködésével) úgy elemezte az álmot, hogy az annak az eredménye volt, hogy Pankejeff nagyon fiatal korában szemtanúja volt egy “ősi jelenetnek” – a szülei a tergo vagy inkább ferarum (“hátulról” vagy “kutyapózban”) szexeltek -. Később Freud felvetette annak lehetőségét, hogy Pankejeff ehelyett állatok közötti kopuláció szemtanúja volt, amit a szülei kiszorítottak.

Pankejeff álma fontos szerepet játszott Freud pszichoszexuális fejlődési elméletében, és Irma injekciójával (Freud saját álma, amely elindította az álomelemzést) együtt az egyik legfontosabb álom volt Freud elméleteinek fejlődése szempontjából. Emellett Pankejeff lett az egyik legfontosabb eset, amelyet Freud a pszichoanalízis érvényességének bizonyítására használt. Ez volt a harmadik olyan részletes esettanulmány az 1908-as “Feljegyzések egy kényszeres neurózis esetéről” című (a “Patkányember” állati becenevén is ismert) 1908-as munka után, amelyben Freud nem magát elemezte, és amely egyesítette a katarzis, a tudattalan, a szexualitás és az álomelemzés főbb szempontjait, amelyeket Freud a Tanulmányok a hisztériáról (1895), Az álmok értelmezése (1899) és a Három esszé a szexualitás elméletéről (1905) című műveiben fejtett ki.