Jenner 1815. január 30-án született Chathamben, és a University College Londonban tanult. 1837-ben az Angol Királyi Sebészkollégium tagja (M.R.C.S.), 1852-ben az Orvosok Királyi Kollégiumának tagja (F.R.C.P.) lett, 1844-ben pedig a londoni M.D.

1847-ben a londoni lázkórházban megkezdte a folyamatos lázas esetek vizsgálatát, ami végül lehetővé tette számára, hogy különbséget tegyen a tífusz és a tífusz között, amelyen patológusként hírneve alapvetően nyugszik. 1850-ben publikálta “On the Identity or Non-Identity of Typhoid and Typhus Fever” című könyvét. 1849-ben kinevezték a University College patológiai anatómia professzorává, valamint a University College Kórház segédorvosává, ahol később orvos (1854-1876) és tanácsadó orvos (1879) lett, emellett más kórházakban is hasonló kinevezéseket töltött be. A University College Londonban egymás után a klinikai orvostudomány Holme professzora és az orvoslás alapelveinek és gyakorlatának professzora is volt.

1866-1868-ban az Epidemiológiai Társaság, 1873-1875-ben a Patológiai Társaság, 1875-ben pedig a Klinikai Társaság elnökévé választották. 1881 és 1888 között a Royal College of Physicians elnöke volt, ahol 1853-ban Goulstonian előadásokat tartott. 1864-ben a Királyi Társaság tagjává választották (F.R.S.), és az Oxfordi Egyetem, a Cambridge-i Egyetem és az Edinburgh-i Egyetem tiszteletbeli fokozatot adományozott neki. 1861-ben Viktória királynő rendkívüli orvosává (Q.H.P.), 1862-ben pedig Viktória királynő, 1863-ban pedig a walesi herceg rendkívüli orvosává nevezték ki; mind a hercegnőt, mind a walesi herceget ő látta el tífuszos rohamaikban. 1868-ban bárói címet kapott.

Tanácsadóként Sir William Jenner nagy hírnévnek örvendett, és nagy vagyont hagyott hátra, amikor 1898. december 11-én a hantsi Bishops Walthamban meghalt, miután nyolc évre visszavonult a praxistól megromlott egészségi állapota miatt. 1858-ban vette feleségül Adela Lucy Leman-t, Stephen Adey lányát, akivel öt fia és egy lánya született. Legkisebb fia, Leopold, az első világháború kitüntetett katonatisztje volt.

.