Fiók igénylése

A HTCF számítási klaszteren való fiók igényléséhez kérjük, küldjön e-mailt további információkért.

Access

Using the HTCF Submit Node

A bejelentkezési szerver a htcf.wustl.edu

~$ ssh [email protected]

Ha helyileg X-kiszolgálót használ, akkor egyes grafikus alkalmazásokhoz -Y kapcsolattal csatlakozhat. bejelentkezés után interaktív munkaterületet hozhat létre, vagy kötegelt munkákat küldhet be.

~$ ssh -Y [email protected] 

Adatok & Adattárolás

Home könyvtárak

Minden HTCF felhasználói fióknak 20 GB home könyvtára van. Ez a könyvtár használható szkriptek, fejlesztőeszközök stb. tárolására. A home könyvtárak a “/home/WUSTL_KEY_ID” könyvtárban találhatók, és minden csomóponton elérhetőek. Hibatűrő tárolón vannak tárolva, és a véletlen adatvesztés elkerülése érdekében gyakori snapshot-okat végeznek. A legutóbbi napi pillanatfelvételek másolatait a katasztrófa utáni helyreállítás céljából külső helyszínen tartják.

Long Term Storage

Az LTS-t a nyers és “kész” projektadatok tárolására használják. Az LTS könyvtárak nem állnak rendelkezésre a fürtcsomópontokon. A hosszú távú tárolás a laborprojektek tárhelye, amely terabájtos lépésekben érhető el. Ezt hibatűrő tárolón tartjuk snapshopokkal. A legutóbbi napi pillanatfelvételek másolatait a helyszínen kívül tartják katasztrófa utáni helyreállítás céljából.

Nagy áteresztőképességű tároló

A HTCF nagy áteresztőképességű tároló egy nagy, elosztott fájlrendszer, amely képes több mint 6 GB/másodperces teljes áteresztőképességet kezelni. A HTS egy scratch tárhely, és nincs biztonsági mentés. A nagy áteresztőképességű tároló ideiglenes. A /scratch-ben tárolt adatokat egyáltalán nem tudjuk helyreállítani, ha egyszer eltávolították.

*A /scratch-ben tárolt adatokra a Scratch-adattisztítási szabályzat vonatkozik.

Bővebb információ az Adatok & Adattároló oldalunkon

Szoftver

A HTCF-en elérhető szoftverek listája

module avail

A szoftver betöltéséhez:

module load bowtie2

A további szoftvermodulok igényléséhez kérjük, lépjen kapcsolatba velünk.

Bővebb információ a Szoftver oldalunkon

GUI szoftver

Mivel a HTCF elsősorban egy kötegelt várólistás rendszer nagy adatmennyiségek nagy áteresztőképességű feldolgozására, a GUI alkalmazásokat a HTCF közvetlenül nem támogatja. A GUI-alkalmazások telepítése és beállítása a HTCF-en a végfelhasználóra van bízva.

Munkafolyamat

A munkák jellemzően egy általános munkafolyamatot követnek.

• A – Az előfeldolgozott nyers adatok bekerülnek az LTS-be
• B – A nyers adatok a scratch-be másolódnak feldolgozásra
• C – Az utólag feldolgozott adatok az LTS-be másolódnak
• D – Az előfeldolgozott adatok az LTS-be kerülnek
• D – Az előfeldolgozott adatok az LTS-be kerülnek. A B lépésben létrehozott közbenső adatok eltávolításra kerülnek

Partíciók

.

Jobs

Interaktív

Az interaktív munkamenetek interaktív szkriptek futtatására szolgálnak, vizualizáció, minden olyan feladat, amely túl számításigényes ahhoz, hogy a bejelentkezési csomóponton fusson, és nem sbatch-on keresztül kerül benyújtásra. Az alapértelmezettek a következők: 1 CPU-mag, 1 GB RAM és 8 órás időkorlát.

Az interaktív munkamenetet létrehozhatja a:

~$ interactive

futtatásával, vagy módosíthatja a következő parancsot az igényeinek megfelelően:

srun --mem=2000 --cpus-per-task=1 -J interactive -p interactive --pty /bin/bash -l

Batch Job Submission

• Determine resources
• Create Job File
• Create sbatch file with required resources
• Submit
• Monitor

Sbatch Examples

Create a job script (myjob.sbatch):

#!/bin/bash#SBATCH --cpus-per-task=1#SBATCH --mem=1Gml programprogram /scratch/lab/files/ABC.fasta /scratch/lab/files/ABC.out

Az sbatch szkript elküldése.

sbatch myjob.sbatch

A munka megtekintése a sorban

user@htcf:~$ squeueJOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON)106 debug example example R 0:13 1 n067

GPU-k

A HTCF jelenleg kis számú NVIDIA Tesla V100 GPU-val rendelkezik.

A GPU a következő slurm paraméterekkel érhető el:

#SBATCH -p gpu#SBATCH --gres=gpu