Az embrionális fejlődés kritikus folyamata az mRNS-ek aktiválása és térbeli lokalizációja az embrió specifikus sejtjeiben és területein. Az mRNS-ek térbeli eloszlásának feltárása és annak változása a fejlődés során létfontosságú információ, amely segíti a specifikus génszabályozó hálózatokat működtető jelátviteli és szabályozó gének megértését. A laboratóriumban az mRNS-ek embriókban való térbeli eloszlásának meghatározására egy költséghatékony, megbízható módszer az in situ hibridizáció. Ez az érzékeny és egyszerű módszer exogén antisense RNS-szondákat alkalmaz, hogy specifikus és komplementer szekvenciákat találjon a rögzített embriókban. A szondába épített ribonukleotidokhoz konjugált antigénrészek keresztreagálnak az antitestekkel, és ezt követően számos festési módszer alkalmazható a célzott mRNS térbeli eloszlásának kimutatására. Az ezzel a módszerrel előállított adatok minősége egyenértékű a kutató tapasztalatával, ezért a módszer számos lépésének alapos ismerete fontos a jó minőségű adatok megszerzéséhez. Itt összeállítunk és összefoglalunk néhány olyan protokollt, amelyet elsősorban öt tengeri sünfajon alkalmaztak a világ számos laboratóriumában. Bár a protokollok a különböző fajok esetében eltérőek lehetnek, az átfogó lépések hasonlóak és könnyen elsajátíthatók. Ha megfelelően és gondosan végzik, az in situ hibridizáció olyan hatékony eszköz, amely olyan egyértelmű adatokat szolgáltat, amelyeknek jelenleg nincs hasonló helyettesítője, és továbbra is fontos módszer lesz a big data korszakában és azon túl is.