Des sous-ensembles du contenu du WoRMS sont mis à disposition, et peuvent disposer d’un badgeage distinct et de leurs propres pages d’accueil/de lancement, en tant que « sous-registres », tels que la liste mondiale des Acanthocephala marins, la liste mondiale des Actiniaria, la base de données mondiale des Amphipodes, la base de données mondiale des Porifères, etc. En décembre 2018, il existait 60 sous-registres taxonomiques de ce type, dont un certain nombre actuellement en cours de construction. Une deuxième catégorie de sous-registres comprend des bases de données d’espèces régionales telles que le Registre africain des espèces marines, le Registre belge des espèces marines, etc. tandis qu’une troisième comprend des sous-ensembles thématiques tels que le Registre mondial des espèces des grands fonds (WoRDSS), le Registre mondial des espèces marines introduites (WRiMS), etc. Dans tous ces cas, les données de base sont saisies et conservées une seule fois dans le cadre du système de données WoRMS pour faciliter la maintenance et la cohérence des données, et sont réaffichées au besoin dans le contexte du ou des sous-registres pertinents auxquels elles peuvent également appartenir.

Certains sous-registres étendent le contenu au-delà du concept « marin » initial du WoRMS en incluant des taxons d’eau douce ou terrestres par souci d’exhaustivité dans leur zone d’intérêt désignée ; ces enregistrements peuvent être exclus d’une recherche standard du WoRMS en sélectionnant les options appropriées dans l’interface de recherche en ligne.