Los subconjuntos del contenido de WoRMS se ponen a disposición, y pueden tener una insignia separada y sus propias páginas de inicio/lanzamiento, como «subregistros», como la Lista Mundial de Acantocéfalos Marinos, la Lista Mundial de Actiniarios, la Base de Datos Mundial de Anfípodos, la Base de Datos Mundial de Poríferos, etc. En diciembre de 2018 había 60 subregistros taxonómicos de este tipo, incluyendo un número actualmente en construcción. Una segunda categoría de subregistros comprende bases de datos regionales de especies, como el Registro Africano de Especies Marinas, el Registro Belga de Especies Marinas, etc., mientras que una tercera comprende subconjuntos temáticos como el Registro Mundial de Especies de Aguas Profundas (WoRDSS), el Registro Mundial de Especies Marinas Introducidas (WRiMS), etc. En todos estos casos, los datos de base se introducen y se mantienen una sola vez como parte del sistema de datos del WoRMS para facilitar el mantenimiento y la coherencia de los datos, y se vuelven a presentar según sea necesario en el contexto del subregistro o los subregistros pertinentes a los que también pueden pertenecer.

Ciertos subregistros amplían el contenido más allá del concepto original «marino» de WoRMS al incluir taxones de agua dulce o terrestres para completar su área de interés designada; tales registros pueden ser excluidos de una búsqueda estándar de WoRMS seleccionando las opciones apropiadas en la interfaz de búsqueda en línea.