Zwei weitere Studien in den 1990er Jahren lieferten gemischte Ergebnisse. Bei der einen handelte es sich um eine X-Chromosomen-Bindungsanalyse von 54 schwulen Brüderpaaren, die 1998 von der unabhängigen Forschungsgruppe von Sanders et al. durchgeführt wurde. Die Ergebnisse dieser Studie unterschieden sich nicht von den Ergebnissen der Studie von Hu et al.: Beide berichteten, dass der Locus DXS1108 der chromosomale Ort des maximalen Austauschs war, und beide berichteten über einen ähnlichen Grad des Allel-Austauschs (66 % gegenüber 67 %). Die zweite Studie von Rice et al. aus dem Jahr 1999 untersuchte 52 Paare kanadischer schwuler Brüder und fand keine statistisch signifikante Verknüpfung von Allelen und Haplotypen. Folglich schlossen sie die Möglichkeit aus, dass ein Gen in der Region Xq28 einen großen genetischen Einfluss auf die männliche sexuelle Orientierung hat (obwohl sie nicht ausschließen konnten, dass ein Gen in dieser Region einen kleinen Einfluss hat). Rice et al. beteuerten auch, dass ihre Ergebnisse die Möglichkeit nicht ausschließen, Gene für männliche Homosexualität an anderen Stellen im Genom zu finden. Hamer kritisierte, dass die Studie die Familien für ihre Studienpopulation nicht auf der Grundlage der mütterlichen Vererbung auswählte, da nur Familien ausgewählt werden sollten, die einen Überschuss an schwulen Verwandten mütterlicherseits aufweisen, um die Xq28-Kopplung nachzuweisen. Eine Meta-Analyse aller zu diesem Zeitpunkt verfügbaren Daten (d.h., Hamer et al. (1993), Hu et al. (1995), Rice et al. (1999) und die unveröffentlichte Studie von Sanders et al. aus dem Jahr 1998 deuteten darauf hin, dass Xq28 eine signifikante, aber nicht ausschließliche Rolle bei der männlichen sexuellen Orientierung spielt.

Die Autoren der Meta-Analyse (zu denen drei Autoren der Studie von Rice et al. Rice, Risch und Ebers) führten mehrere methodische Gründe an, warum Rice et al. (1999) möglicherweise nicht in der Lage waren, einen statistisch signifikanten Zusammenhang zwischen Xq28 und der männlichen sexuellen Orientierung festzustellen: die von Rice et al. waren nicht repräsentativ, da sie einen Überschuss an homosexuellen Verwandten väterlicherseits und nicht mütterlicherseits aufwiesen, was die Anzeige jeglicher X-Chromosom-Kopplung verschleierte; die statistische Aussagekraft ihrer Stichprobe war nicht ausreichend, um eine Kopplung adäquat nachzuweisen, und es fehlten eindeutige Kriterien dafür, was als Homosexualität gilt (die Forscher verließen sich auf ihr eigenes Urteil und stützten sich manchmal auf eine einzige Frage an die Testperson). Außerdem fehlten Kriterien, „um geeignete Familien für die Untersuchung eines mutmaßlichen X-chromosomalen Locus auszuwählen“ – da sie die Familien nicht nach dem Vorhandensein einer mütterlichen Übertragung von Homosexualität auswählten, könnte der Beitrag von Xq28 zur männlichen sexuellen Orientierung verborgen worden sein. Darüber hinaus ergab die Meta-Analyse, dass die Familienstammbaumdaten von Rice et al. (1999) im Gegensatz zu den Genotypisierungsdaten die X-Chromosom-Verknüpfung für Homosexualität zu unterstützen schienen.

Im Jahr 2012 wurde eine große, umfassende genomweite Verknüpfungsstudie zur männlichen sexuellen Orientierung von mehreren unabhängigen Forschergruppen durchgeführt. Die Studienpopulation umfasste 409 unabhängige Paare schwuler Brüder aus 384 Familien, die mit über 300.000 Einzelnukleotid-Polymorphismus-Markern analysiert wurden. Die Studie bestätigte die Verknüpfung von Xq28 mit Homosexualität durch Zwei-Punkt- und Mehr-Punkt-LOD-Score-Mapping (MERLIN). Ein signifikanter Zusammenhang wurde auch in der Region in der Nähe des Zentromers von Chromosom 8 festgestellt, die sich mit einer der Regionen überschneidet, die in einer früheren genomweiten Verknüpfungsstudie des Hamer-Labors entdeckt wurden. Die Autoren kamen zu dem Schluss, dass „unsere Ergebnisse im Zusammenhang mit früheren Arbeiten darauf hindeuten, dass die genetische Variation in jeder dieser Regionen zur Entwicklung des wichtigen psychologischen Merkmals der männlichen sexuellen Orientierung beiträgt“. Es handelte sich um die bisher größte Studie über die genetischen Grundlagen der Homosexualität, die im November 2014 online veröffentlicht wurde.

Im August 2019 kam eine genomweite Assoziationsstudie mit 493.001 Personen zu dem Schluss, dass Hunderte oder Tausende von genetischen Varianten homosexuellem Verhalten bei beiden Geschlechtern zugrunde liegen, wobei insbesondere fünf Varianten signifikant assoziiert sind. Sie erklärten, dass sie im Gegensatz zu Linkage-Studien, die eine erhebliche Assoziation der sexuellen Orientierung mit Varianten auf dem X-Chromosom gefunden haben, kein übermäßiges Signal (und keine einzelnen genomweiten signifikanten Varianten) auf Xq28 oder dem Rest des X-Chromosoms gefunden haben.