Exploring Genomic Relations at the Gene and SNP Level Through Enrichment, Similarity and Network Analysis

Das zentrale Ziel von XGR ist es, ein Dateninterpretationssystem bereitzustellen. Es wurde entwickelt, um eine benutzerdefinierte Gen- oder SNP-Liste besser interpretierbar zu machen, indem es umfassend Ontologie- und Netzwerkinformationen nutzt, um Beziehungen aufzudecken und die Möglichkeiten für biologische Entdeckungen zu verbessern. XGR ist einzigartig, da es eine breite Palette von Ontologien (einschließlich Wissen über biologische und molekulare Funktionen, Pfade, Krankheiten und Phänotypen – sowohl beim Menschen als auch bei der Maus) und verschiedene Arten von Netzwerken (einschließlich funktioneller, physikalischer und Pfad-Interaktionen) unterstützt. Es gibt zwei Kernfunktionen des XGR. Die erste ist eine Basisinfrastruktur für den einfachen Zugang zu eingebauten Ontologien und Netzwerken. Die zweite besteht aus erweiterbaren Funktionen, die jetzt 1) eine Anreicherungsanalyse unter Verwendung eingebauter oder benutzerdefinierter Ontologien, 2) eine Ähnlichkeitsanalyse zur Berechnung der semantischen Ähnlichkeit zwischen Genen (oder SNPs) auf der Grundlage ihrer Ontologie-Annotationsprofile und 3) eine Netzwerkanalyse zur Identifizierung von Gennetzwerken anhand einer Abfrageliste von (signifikanten) Genen oder SNPs umfassen. Zusammen mit seiner Web-App soll XGR ein benutzerfreundliches Werkzeug zur Erforschung genomischer Beziehungen auf Gen- und SNP-Ebene bieten.