Sievers wurde nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs im Nürnberger Ärzteprozess angeklagt, wo er von dem Journalisten William L. Shirer wegen seines „dicken, tintenschwarzen Bartes“ als „Nazi-Blaubart“ bezeichnet wurde. Das Institut für Wehrwissenschaftliche Forschung war als Teil des Ahnenerbes gegründet worden, und die Anklage in Nürnberg machte das Ahnenerbe für die unter seiner Ägide durchgeführten Menschenversuche verantwortlich. Sievers wurde als oberster Verwaltungsbeamter des Ahnenerbes angeklagt, die verbrecherischen Experimente aktiv unterstützt und gefördert zu haben.

Sievers wurde angeklagt, Mitglied einer vom Internationalen Militärgerichtshof für verbrecherisch erklärten Organisation (der SS) zu sein, und wurde in die Begehung von Kriegsverbrechen und Verbrechen gegen die Menschlichkeit verwickelt. Zu seiner Verteidigung gab er an, dass er bereits 1933 Mitglied einer antinazistischen Widerstandsbewegung gewesen sei, die ein Attentat auf Hitler und Himmler geplant habe, und dass er seine Ernennung zum Leiter des Ahnenerbes erwirkt habe, um Himmler nahe zu kommen und seine Bewegungen zu beobachten. Er behauptete ferner, dass er auf Anraten seines Widerstandsführers auf diesem Posten geblieben sei, um wichtige Informationen zu sammeln, die zum Sturz des Nazi-Regimes beitragen würden.

Sievers wurde am 20. August 1947 wegen Verbrechen gegen die Menschlichkeit zum Tode verurteilt und am 2. Juni 1948 im Gefängnis Landsberg in Bayern gehängt.