WLAJ nahm seinen Sendebetrieb am 13. Oktober 1990 in einem umgebauten Haushaltswarengeschäft auf. Der Sender gehörte ursprünglich Joel Ferguson, dem Gründungseigentümer des ersten unabhängigen Senders auf dem Markt, WFSL-TV (jetzt Fox-Tochter WSYM-TV). Ferguson hatte den Erlös aus dem Verkauf von WFSL verwendet, um WLAJ zu gründen.

Vor dem Beitritt des Senders im Jahr 1990 war Lansing einer der größten Märkte in den Vereinigten Staaten ohne eine Vollzeit-ABC-Filiale, obwohl die Stadt groß genug war, um mindestens seit den 1960er Jahren drei vollständige Network-Filialen zu unterhalten. Allerdings wurden der Stadt nur zwei UKW-Lizenzen zugewiesen – die Kanäle 6 und 10, die von der CBS-Filiale WLNS und der NBC-Filiale WILX-TV belegt wurden. UHF wurde nicht als lebensfähig angesehen, selbst nachdem die FCC im Jahr 1964 die Abstimmung aller Kanäle vorgeschrieben hatte. Obwohl Lansing geografisch gesehen ein recht kompakter Markt ist, liegt er zwischen Detroit im Osten, Flint/Saginaw/Bay City im Norden, Toledo im Süden und Grand Rapids/Kalamazoo/Battle Creek im Westen. Daher war es unwahrscheinlich, dass noch Platz für eine dritte UKW-Zuteilung vorhanden gewesen wäre. In den 1980er Jahren waren Kabel und Satellit in Mid-Michigan so weit verbreitet, dass eine UHF-Filiale der „Großen Drei“ realisierbar war.

Bevor WLAJ sich anmeldete, hatte WJRT-TV in Flint seit seiner Anmeldung 1958 bis zum Start von WLAJ als Standard-ABC-Sender für das Gebiet gedient. WFSL hatte kurzzeitig einige ABC-Programme in einem gescheiterten Versuch ausgestrahlt, die ABC-Tochtergesellschaft von Lansing zu werden. Andere Teile des Marktes erhielten ABC von WUHQ-TV (jetzt WOTV) in Battle Creek und WXYZ-TV in Detroit. Eine Bedingung für die Aufnahme von WLAJ in die ABC-Gruppe war, dass der Sender so platziert werden musste, dass es möglichst wenig Überschneidungen mit WJRT gab.

Ferguson verkaufte schließlich 1996 eine halbe Beteiligung an WLAJ an Granite Broadcasting. Granite hatte die Option, den Rest von WLAJ aufzukaufen, die es sechs Monate später nach einem kurzen Gerichtsstreit ausübte, als die Eigentümer des Senderstandorts versuchten, den Verkauf zu verhindern. Der Sender wurde 1999 an Freedom Communications verkauft. Im Jahr 2005 führte eine unternehmensweite Konsolidierung der Betriebsabläufe bei den Sendern dazu, dass die Hauptkontrolle von WLAJ und die meisten anderen internen Abläufe in die Studios des Schwestersenders WWMT in Kalamazoo verlegt wurden. Dies führte dazu, dass von den ursprünglich achtzig Mitarbeitern in Lansing nur noch sechs übrig blieben. Außerdem übernahm der Präsident und Geschäftsführer von WWMT, James Lutton, nach dem Weggang von Ross Reardon die gleiche Funktion bei WLAJ.

Am 21. September 1998 begann WLAJ parallel zum Start der WB 100+ Station Group (The WB 100+) mit dem Betrieb eines reinen Kabelsenders von The WB, der Teil des nationalen Dienstes war. Dieser war ausschließlich auf Comcast-Kanal 30 zu empfangen, hatte ein eigenes Logo und verwendete das Rufzeichen „WBL“ in einer fiktiven Form. Von 2002 bis 2006 waren die internen Abläufe (wie z. B. der Werbeverkauf) der UPN-Tochter WHTV in den Studios von WLAJ untergebracht. Danach zog der Sender in das WLNS-Gebäude um, nachdem er eine gemeinsame Verkaufsvereinbarung mit dem damaligen Eigentümer von WLNS, Young Broadcasting, geschlossen hatte. Vor 1998 war das Programm von The WB auf dem Markt von Lansing über die nationale Einspeisung von WGN oder über Sender außerhalb des Marktes, wie WXON (jetzt WMYD) in Detroit, zu empfangen. Am 24. Januar 2006 gaben die CBS Corporation (die sich nach 2005 von Viacom abspaltete) und Warner Bros. Television (das Unternehmen, dem The WB gehörte) bekannt, dass sie den Betrieb der Sender UPN und The WB einstellen und ihre Ressourcen zusammenlegen würden, um einen Programmdienst mit dem Namen The CW zu schaffen. Die Buchstaben stehen für die Anfangsbuchstaben der jeweiligen Muttergesellschaften des neuen Senders.

Am 22. Februar gab die News Corporation bekannt, dass sie einen weiteren neuen Sender namens MyNetworkTV gründen würde. Dieser neue Dienst, der ein Schwesternetzwerk von Fox sein würde, würde von Fox Television Stations und seiner Syndication Division 20th Television betrieben werden. MyNetworkTV wurde gegründet, um den UPN- und WB-Sendern, die nicht als CW-Tochtergesellschaften erwähnt wurden, eine weitere Option neben der Unabhängigkeit zu bieten. Es wurde auch geschaffen, um mit The CW zu konkurrieren. MyNetworkTV wurde am 5. September ins Leben gerufen, und der ehemalige UPN-Sender WHTV trat dem Netzwerk bei. Damit blieb WBL nur noch die Möglichkeit, sich am 18. September The CW über The CW Plus anzuschließen, einem Dienst, der dem von The WB 100+ ähnelt. An diesem Tag richtete WLAJ einen neuen zweiten digitalen Unterkanal ein, um WBL simultan zu übertragen und Nicht-Kabel-Abonnenten Zugang zu The CW zu bieten. Dieser Kanal begann dann, offiziell die WLAJ-DT2-Rufzeichen zu verwenden, und wechselte zu Comcast-Kanal 5.

Am 24. September 2007 wurde WLAJ in „ABC 3“ umbenannt, da die meisten Kabelanbieter im Lansing-Gebiet den Sender auf Kanal 3 ausstrahlen. Das damals eingeführte Logo enthielt die Zahl „53“, betonte aber mehr den Kabelplatz („3“) als den frei empfangbaren Kanal, wobei die „5“ im negativen Raum stand. WOTV verwendete zu dieser Zeit ein ähnliches Logo. Am 7. April 2008 wurde ein neues Erscheinungsbild mit einem neuen Logo eingeführt, das dem von WWMT ähnelte, aber die versteckte „5“ wie das vorherige Logo enthielt. Die versteckte „5“ wurde schließlich entfernt. WLAJ zeichnete sich dadurch aus, dass er die Oprah Winfrey Show um 17.00 Uhr ausstrahlte und nicht wie üblich um 16.00 Uhr. Die Serie endete am 25. Mai 2011, und die Ellen DeGeneres Show ersetzte Oprah auf WLAJ.

WLAJ strahlte bis zum Start des Big Ten Network auch die Big Ten College Football-Berichterstattung von ESPN Plus aus. Während die meisten ABC-Sender in Michigan ihre College-Football-Berichterstattung in erster Linie auf die Spiele des Senders beschränkten, wurden WLAJ und WLAJ-DT2 in den letzten Jahren zu den Lansing-Sendern der Central Michigan University Chippewas und der Western Michigan University Broncos. Heute wird jedes Footballspiel, an dem die CMU oder die WMU beteiligt sind, um 12 Uhr mittags auf WLAJ ausgestrahlt, um die College-Football-Berichterstattung von ABC einzuleiten. Alle anderen CMU- und WMU-Footballspiele werden auf WLAJ-DT2 ausgestrahlt.

Freedom gab am 2. November 2011 bekannt, dass es sich aus dem Fernsehgeschäft zurückziehen und seine Sender, einschließlich WLAJ, an die Sinclair Broadcast Group verkaufen würde. Das Geschäft wurde am 2. April 2012 abgeschlossen, aber nur sechs Monate später (am 11. Oktober) meldete Sinclair den Verkauf von WLAJ an Shield Media (im Besitz des Vizepräsidenten von White Knight Broadcasting, Sheldon Galloway) an. Nach Abschluss des Verkaufs schloss der Sender dann Vereinbarungen über gemeinsame Dienste und den gemeinsamen Vertrieb mit WLNS, das sich im Besitz von Young Broadcasting befindet. Die Federal Communications Commission (FCC) genehmigte die Lizenzübertragung am 4. Dezember; der Verkauf wurde am 1. März abgeschlossen. Diese Transaktion führte dazu, dass Young vier der sechs größten englischsprachigen Sender in Lansing kontrolliert (CBS, ABC, The CW und MyNetworkTV). Am 1. April 2013 zog die Hauptkontrolle von WLAJ von den WWMT-Studios in die WLNS-Einrichtung in Lansing um. Die meisten internen Abläufe wurden ebenfalls zu WLNS verlegt. WLAJ schloss auch sein lokales Werbeverkaufsbüro und das ehemalige Nachrichtenstudio in der South Pennsylvania Avenue. Durch den Umzug wurde die intellektuelle Abteilung von WHTV wieder mit WLAJ zusammengeführt, da der ehemalige Sender in den Studios der ABC-Filiale untergebracht war. WLNS betrieb WHTV jedoch im Rahmen einer bereits bestehenden, von WLAJ getrennten Outsourcing-Vereinbarung.

Im August 2013 kehrte WLAJ zu seinem Markennamen „ABC 53“ zurück und verwendete das aktualisierte ABC-Logo. Young Broadcasting fusionierte am 12. November 2013 mit Media General. Infolge dieser Änderungen kündigte WHTV an, dass es seinen Vertrag mit WLNS über die Auslagerung des Betriebs nicht verlängern würde. Im Juli 2014 schloss WHTV eine neue Vereinbarung über die lokale Vermarktung mit WSYM (damals im Besitz der Journal Broadcast Group) und verlagerte seinen Werbeverkauf in die Studios dieses Senders.

Am 15. Februar 2008 trat Suzanne Wangler (die unter dem Namen „Suzanne Page“ moderierte) als Moderatorin/Produzentin/Nachrichtenleiterin von WLAJ zurück. Wangler begründete ihren Rücktritt mit dem „Stress“, den die Arbeit in ihrer Position mit sich bringt. Zuvor war sie wegen familiärer Probleme eine Woche lang abwesend. Ihr Rücktritt könnte jedoch auch auf eine Untersuchung zurückzuführen sein, in der sie beschuldigt wurde, von einem Mann namens Les Pingilley aus Oakland County fast 150.000 Dollar angenommen zu haben. Die Anschuldigungen führten zu einem Bericht der Ermittler von Heather Catallo bei WXYZ. Am 23. Februar wurde Wangler von der Polizei tot in ihrem Haus aufgefunden. Nach Angaben des von Fox betriebenen Detroiter Senders WJBK handelte es sich um einen „offensichtlichen Selbstmord“ und sie „hatte sich erhängt“. Nach Angaben des Senders hatte sie eine örtliche Polizeidienststelle aufgesucht, um ihren Blutalkoholspiegel wegen einer früheren Anklage wegen Fahrens unter Alkoholeinfluss überprüfen zu lassen. Ihr Blutalkoholgehalt lag bei 0,05 % (0,08 % gelten in Michigan als Trunkenheit im Verkehr). Aufgrund früherer Straftaten durfte sie jedoch keinen Alkohol in ihrem Körper haben. Ein Familienmitglied entdeckte sie gegen 15.00 Uhr an diesem Tag tot und rief die Polizei. Es wurde eine Autopsie anberaumt, um die genaue Todesursache zu ermitteln; die Autopsie bestätigte, dass es sich um Selbstmord durch Erhängen handelte.

WLAJ schaltete sein analoges Signal über UHF-Kanal 53 am 12. Juni 2009 im Rahmen der vom Bund vorgeschriebenen Umstellung vom analogen auf das digitale Fernsehen ab. Das digitale Signal des Senders blieb auf dem UHF-Kanal 51 aus der Zeit vor der Umstellung, wobei PSIP verwendet wurde, um den virtuellen Kanal von WLAJ auf digitalen Fernsehempfängern als 53 anzuzeigen, der zu den UHF-Hochbandkanälen (52-69) gehörte, die im Zuge der Umstellung aus dem Sendebetrieb genommen wurden. Am 22. Mai 2015 verlagerte WLAJ sein digitales Signal auf den UHF-Kanal 25. Die FCC-Lizenz wurde am 5. Juni 2015 erteilt.

Im Dezember 2017 übertrug WLAJ das Justice Network auf seinem dritten Unterkanal (53,3).

WLNS verkaufte sein Spektrum bei der FCC-Spektrumauktion und schloss eine Vereinbarung über die gemeinsame Nutzung des Kanals mit WLAJ. Am 11. Juni 2018 stellte WLNS den Sendebetrieb von seinem Sender in Okemos aus ein und begann mit der Ausstrahlung von WLAJs Sender in Rives Junction auf Kanal 25; er erscheint weiterhin als Kanal 6 über PSIP. Als Folge der Kanalaufteilung von WLNS und der Notwendigkeit, drei hochauflösende Signale (1080i für WLNS und 720p für die beiden ABC- und CW-Kanäle von WLAJ) zu übertragen, hat WLAJ das Justice Network aus seinem dritten Unterkanal gestrichen. Im Jahr 2020 wurde der Sender an den alten WLNS-Senderstandort in Okemos verlegt.

Am 21. August 2020 wurde bekannt gegeben, dass Mission Broadcasting WLAJ übernehmen würde. Die Übernahme wurde am 23. November abgeschlossen.