Während des Amerikanischen Revolutionskriegs kämpfte William Flora unter Oberst William Woodford in den Streitkräften des Bundesstaates Virginia in der Schlacht an der Großen Brücke im Dezember 1775, wo er weithin als der Held der Patrioten in dieser Schlacht gilt. Ein Wachposten an der Brücke berichtete, dass er der letzte war, der die Brücke überquerte, als die Briten vorrückten. Als Flora sich unter schwerem Beschuss durch die britischen Linien von seinem Posten zurückzog, riss er eine Planke von der Brücke. Dies machte den Briten die Überquerung unter dem Feuer der Patrioten unmöglich. Infolgedessen waren die Briten gezwungen, sich auf ihre Schiffe zurückzuziehen. Das einzige Todesopfer, ein Soldat mit einem verwundeten Daumen, auf amerikanischer Seite überlebte, was für William Flora und seinen Mut spricht.

Nach den Musterungs- und Soldlisten der Kontinentalarmee diente William Flora im November 1776 unter „Captain William Grymes‘ Kompanie des 15. Virginia-Regiments“, das 1777 an den Schlachten von Brandywine und Germantown und 1778 an der Schlacht von Monmouth teilnahm. Während er mit seinen Kameraden in South Carolina war, entging Flora der britischen Gefangennahme bei der Belagerung von Charleston 1780, bei der der Großteil des Regiments gefangen genommen wurde. Da die Einheit im Laufe des Krieges immer kleiner wurde, wurde sie bis zum Ende des Krieges zum 11. Virginia-Regiment und schließlich zum 5. Flora kämpfte auch in der Schlacht von Yorktown im Jahr 1781.