Brandschiffe waren ein bekanntes Konzept zur Durchbrechung von Blockaden. Ein Schiff wurde mit Sprengstoff beladen und auf die feindliche Flotte losgelassen, um bei Kontakt zu explodieren. Der Brandtaucher sollte nach einem ähnlichen Prinzip funktionieren: Er tauchte unter ein feindliches Schiff, befestigte eine elektrisch ausgelöste Mine an dessen Rumpf und flüchtete, wobei er die Mine aus sicherer Entfernung zündete. Die mehr oder weniger gleiche Technik wurde von allen militärischen U-Boot-Konstruktionen dieser Zeit angewandt, wie Julius Kröhls Explorer, der U.S.S. Alligator von Brutus de Villeroi und der berühmten Hunley, die als erstes U-Boot ein feindliches Schiff versenkte.

Nachdem sich das von Bauer selbst gebaute Modell des U-Boots als funktionsfähig erwiesen hatte, erhielt er genügend Geld, um ein U-Boot in Originalgröße zu bauen. Aber die Militärbehörden waren immer noch weitgehend gegen Bauers Plan und zwangen Bauer, seine Entwürfe zu ändern, um die Kosten zu senken.

Der fertige Brandtaucher, gebaut von August Howaldt von den späteren Howaldtswerken, war 28 Fuß lang und wog etwa 70.000 Pfund. Da es zu dieser Zeit noch keinen geeigneten mechanischen Antrieb gab, wurde das U-Boot von zwei Matrosen angetrieben, die mit Händen und Füßen ein großes Laufrad drehten. Das dritte Besatzungsmitglied, der Kapitän, befand sich am Heck des U-Boots. Seine Aufgabe war es, die Ruder und andere Steuerungen zu bedienen. Unter dem Zielschiff angekommen, griff der Kapitän durch einen Guttapercha (Gummi)-Handschuh, der an einer Öffnung des Rumpfes befestigt war, nach der Mine, die sich in Reichweite am Rumpf des U-Bootes befand, und befestigte sie am Zielobjekt.

Wäre der Brandtaucher nach Bauers ursprünglichen Entwürfen gebaut worden, hätte er durch das Füllen mehrerer Tanks mit Meerwasser getaucht werden können. In der geänderten Version sollte jedoch das Schiff selbst teilweise mit Wasser geflutet werden, was das U-Boot gefährlich instabil machte. Auch die Dicke des Rumpfes und die Abmessungen der Pumpen mussten stark reduziert werden.

Die ersten Versuche mit dem U-Boot fanden im Dezember 1850 statt. Obwohl Bauer einige Verbesserungen am U-Boot vornehmen wollte, ordnete das Militär am 1. Februar 1851 eine öffentliche Vorführung an.

Diese öffentliche Vorführung endete beinahe in einer Katastrophe. Nachdem es eine Tiefe von 30 Fuß erreicht hatte, begann das Boot mit dem Heck zu sinken. Als das U-Boot nach unten sank, konnten die dünnen Wände dem Wasserdruck nicht mehr standhalten und begannen zu brechen. Der Wasserdruck war zu groß für die schwachen Pumpen, und das Propellerrad wurde beschädigt, als das Schiff zu kippen begann. Sechs Stunden lang mussten Bauer und seine Matrosen im Inneren des gesunkenen Bootes ausharren, bis genügend Wasser eingedrungen war. Dadurch erhöhte sich der Luftdruck im Inneren des U-Boots, und die Männer konnten schließlich die blockierte Luke öffnen. Da das U-Boot auf dem Meeresgrund liegen blieb, kam die Besatzung unverletzt an die Oberfläche. Dies war die erste U-Boot-Flucht, die beobachtet und gemeldet wurde.

Das gesunkene U-Boot wurde 1887 gehoben und kann heute im Militärhistorischen Museum der Bundeswehr in Dresden besichtigt werden.