In zwei Erhebungsphasen (2003 und 2008) wurden organ, Nährstoff- und Salzbelastungsparameter in der unteren Werra untersucht, um die Bedeutung dieser verschiedenen Verschmutzungsarten für die Qualitätskomponente der Makroinvertebraten gemäß der Europäischen Wasserrahmenrichtlinie abzuschätzen. Die chemischen und biologischen Untersuchungen wurden im Vergleich zwischen einem „Referenzabschnitt“ ohne Salzbelastung und dem durch den Kalibergbau belasteten Abschnitt von Vacha bis Hannoversch Münden nahe der Werra-Mündung durchgeführt. Die Ergebnisse zeigen, dass die drastischen Unterschiede zwischen den Makroinvertebraten-Assemblagen der Werra flussaufwärts und flussabwärts der salzbelasteten Abschnitte eindeutig auf die Salzbelastung zurückzuführen sind. Andere chemische Einflüsse sind nicht für die beobachteten grundlegenden Veränderungen in der Zusammensetzung der benthischen Wirbellosengemeinschaft verantwortlich. Die allgemeine Verschlechterung der Fließgewässermorphologie, die durch Makroinvertebraten angezeigt wird, zeigt einen guten ökologischen Zustand für den nicht salzbelasteten Teil des Flusses und einen schlechten Zustand für die salzbelasteten Stellen der unteren Werra.