Pokud Stubbs nepovažoval za nutné věnovat veškerý svůj čas biskupským povinnostem, soustředil se na historická studia. Tvrdil, že teorie jednoty a kontinuity dějin by neměla odstraňovat rozdíly mezi starověkými a moderními dějinami. Domníval se, že ačkoli je práce na starověkých dějinách užitečnou přípravou pro studium moderních dějin, obě mohou být s výhodou studovány odděleně. Věřil také, že vliv individuálního charakteru a lidské povahy způsobí, že zobecnění budou vágní a zbytečná. Poukazoval sice na to, že historie je užitečná jako duševní disciplína a součást svobodného vzdělání, ale doporučoval její studium především kvůli ní samotné. V tomto duchu také pracoval; měl schopnost úsudku a génia pro drobné a kritické zkoumání. Stejně vynikl v církevních dějinách, jako editor textů a historik britské ústavy.

Registrum sacrum, konstituční dějiny a vybrané listinyEdit

V roce 1858 vydal Stubbs své Registrum sacrum anglicanum, v němž vyložil biskupskou posloupnost v Anglii; po něm následovala řada dalších pozdějších prací a zejména jeho podíl na koncilech a církevních dokumentech, které vydal ve spolupráci s reverendem A. W. Haddanem a za jejichž třetí svazek byl zvláště odpovědný. Pro sérii Rolls Chronicles and Memorials vydal devatenáct svazků.

Je to však právě Stubbsova kniha Constitutional History of England (3 svazky, 1874-78), která ho jako historika proslavila nejvíce. Okamžitě se stala standardní autoritou svého oboru. Vydání této knihy, která sleduje vývoj anglické ústavy od teutonských vpádů do Británie až do roku 1485, znamená výrazný krok v pokroku anglické historické vědy. Následoval ji doprovodný svazek Select Charters and Other Illustrations of English Constitutional History.

Jeho zásluhy jako historikaEdit

Stubbsovi současníci i po jeho smrti považovali Stubbse za předního historického vědce jako autora i kritika a za mistra všech oborů historikovy práce, od objevování materiálů po vypracování fundovaných teorií a literární tvorbu. Byl dobrým paleografem a vynikal v textové kritice, zkoumání autorství a dalších podobných záležitostech, zatímco díky své rozsáhlé erudici a bystré paměti neměl ve výkladu a expozici konkurenci. Jeho zásluhy jako autora jsou často posuzovány pouze podle jeho Konstitučních dějin.

Stubbsovo dílo však není zcela nezpochybnitelné. Někteří moderní historikové zpochybňují jeho přijetí některých středověkých kronik, sepsaných klášterními písaři, jejichž názory by byly do jisté míry ovlivněny politikou katolické církve. Jednou z takových kritik byla Stubbsova tiráda na Viléma Rufa, jehož charakter byl kronikáři značně očerňován snad kvůli jeho odporu ke gregoriánským reformám za jeho vlády, což vedlo k odchodu arcibiskupa Anselma do exilu.

Mezi nejvýznamnější příklady Stubbsovy práce pro řadu Rolls patří předmluvy k Rogeru z Hovedenu, Gesta regum Viléma z Malmesbury, Gesta Henrici II a Memoriály svatého Dunstana.

.