Těsně před vypuknutím španělsko-americké války byl Shafter velitelem kalifornského oddělení. Shafter byl nepravděpodobným kandidátem na velitele expedice na Kubu. Bylo mu 63 let, vážil přes 300 liber a trpěl dnou. Přesto získal povýšení na generálmajora dobrovolníků a velení pátému armádnímu sboru shromažďovanému v Tampě na Floridě. Jedním z možných důvodů, proč mu bylo toto velení svěřeno, byl nedostatek politických ambicí.

Shafter zřejmě od počátku udržoval velmi volnou kontrolu nad výpravou na Kubu, která začala velmi neorganizovaným vyloděním v Daiquiri na jižním pobřeží Kuby. V prioritách vylodění a v hierarchii velení panoval zmatek. Když generál Sumner odmítl povolit armádnímu oddílu Gatlingových děl – který měl přednost – vylodění z transportní lodi Cherokee s odůvodněním, že poručík, který oddílu velel, nemá hodnost, která by mu umožnila prosadit jeho prioritu, musel Shafter osobně zasáhnout a vrátit se na loď v parním člunu, aby prosadil svůj požadavek, aby děla okamžitě vystoupila.

Během vylodění vyslal Shafter vpřed jezdeckou divizi pátého sboru pod velením Josepha Wheelera, aby prozkoumala cestu do Santiaga de Cuba. Naprostým (údajně, vyhledejte a přečtěte si zprávy po akci od podplukovníka Roosevelta a plukovníka Wooda.) nerespektováním rozkazů Wheeler vyvolal boj, který přerostl v bitvu u Las Guasimas. Shafter si zřejmě neuvědomil, že bitva vůbec probíhá, ani o ní Wheelerovi později nic neřekl.

Nakonec byl vypracován plán útoku na Santiago. Shafter by poslal svou 1. divizi (v té době nebyla čísla brigád a divizí mimo jejich mateřskou formaci jedinečná) do útoku na El Caney, zatímco jeho 2. divize a jezdecká divize by zaútočily na výšiny jižně od El Caney známé jako San Juan Hill. Původně Shafter plánoval vést své síly z fronty, ale velmi trpěl tropickým vedrem a byl omezen na své velitelství daleko vzadu a mimo dohled bojů. Neměl možnost vidět bitvu z první ruky a nikdy si nevytvořil ucelený systém velení. Shafterovy ofenzivní bitevní plány byly zjednodušené a velmi vágní. Zdálo se, že si neuvědomuje nebo ho nezajímá masový vražedný účinek moderních vojenských zbraní, kterými Španělé disponovali. Navíc jeho zpravodajské úsilí o rozmístění a vybavení španělských vojsk bylo velmi skromné, ačkoli měl k dispozici řadu zdrojů, včetně průzkumných zpráv kubánských povstaleckých jednotek a špionážních informací získaných od domorodých Kubánců.

Při spěšném útoku na El Caney a výšiny San Juan utrpěly americké jednotky, které zaplnily dostupné cesty a nebyly schopny manévrovat, těžké ztráty od španělských jednotek vybavených moderními opakovacími bezdýmnými puškami a samonabíjecím dělostřelectvem, zatímco krátkorážná děla na černý prach amerických dělostřeleckých jednotek nebyla schopna účinně reagovat. Další ztráty si vyžádal samotný útok, který se vyznačoval řadou odvážných, ale neorganizovaných a nekoordinovaných postupů. Po utrpění přibližně 1 400 ztrát a za pomoci jediného oddílu Gatling Gunů pro palebnou podporu americké jednotky úspěšně zaútočily a obsadily jak El Caney, tak San Juan Heights.

Dalším úkolem pro Shaftera byla investice a obléhání města Santiago a jeho posádky. Rozsah amerických ztrát však začínal být znám na Shafterově velitelství zpět v Seville (jeho dna, špatný fyzický stav a obrovská hmotnost mu nedovolovaly jít na frontu). Ztráty byly doručovány nejen zprávami poslů, ale také „masnými vozy“, které dopravovaly raněné a umírající do nemocnice. Při pohledu na krveprolití začal Shafter váhat ve svém odhodlání porazit Španěly u Santiaga. Věděl, že pozice jeho vojska je chatrná, ale opět měl málo informací o útrapách Španělů uvnitř obléhaného Santiaga. Shafter měl pocit, že námořnictvo dělá jen málo pro zmírnění tlaku na jeho síly. Zásoby nemohly být dodávány na frontu, takže jeho mužům chyběly nejnutnější věci, zejména příděly potravin. Sám Shafter byl nemocný a velmi zesláblý. S tímto pohledem na události poslal Shafter do Washingtonu dramatickou zprávu. Navrhl, aby se armáda pro dnešek vzdala útoku a všech svých zisků a stáhla se na bezpečnější území vzdálené asi pět mil. Naštěstí v době, kdy tato zpráva dorazila do Washingtonu, Shafter změnil názor a místo toho obnovil obléhací operace poté, co požadoval, aby se Španělé vzdali města a posádky Santiaga. Vítězstvím amerického námořnictva v bitvě u Santiaga de Cuba admirálů Williama T. Sampsona a Winfielda Scotta Schleyho byl osud španělských pozic v Santiagu zpečetěn. Krátce poté se španělský velitel města vzdal.

.