Jenner se narodil 30. ledna 1815 v Chathamu a vystudoval University College London. V roce 1837 se stal členem Královského kolegia chirurgů Anglie (M.R.C.S.), v roce 1852 členem Královského kolegia lékařů (F.R.C.P.) a v roce 1844 převzal v Londýně titul M.D. (M.D.).

V roce 1847 začal v Londýnské nemocnici pro horečku vyšetřovat případy pokračující horečky, což mu nakonec umožnilo rozlišit tyfus od břišního tyfu, na čemž spočívá především jeho pověst patologa, a v roce 1850 vydal knihu „O totožnosti či nestejnosti břišního tyfu a tyfové horečky“. V roce 1849 byl jmenován profesorem patologické anatomie na University College a také asistentem lékaře v University College Hospital, kde se poté stal lékařem (1854-1876) a konzultantem (1879), kromě toho zastával podobná místa i v jiných nemocnicích. Byl také postupně Holmeho profesorem klinické medicíny a profesorem principů a praxe medicíny na University College London.

V letech 1866-1868 byl zvolen předsedou Epidemiologické společnosti, v letech 1873-1875 předsedou Patologické společnosti a v roce 1875 předsedou Klinické společnosti. V letech 1881-1888 byl prezidentem Royal College of Physicians, kde v roce 1853 přednesl Goulstonovy přednášky. V roce 1864 byl zvolen členem Královské společnosti (F.R.S.) a obdržel čestné tituly Oxfordské univerzity, Cambridgeské univerzity a Edinburské univerzity. V roce 1861 byl jmenován mimořádným lékařem (Q.H.P.) a v roce 1862 řádným lékařem královny Viktorie a v roce 1863 řádným lékařem prince z Walesu; ošetřoval prince a prince z Walesu při jejich záchvatech tyfu. V roce 1868 byl jmenován baronetem.

Jako konzultant měl sir William Jenner skvělou pověst a po své smrti 11. prosince 1898 v Bishops Waltham v Hants zanechal velké jmění; poté se na osm let stáhl z praxe kvůli podlomenému zdraví. V roce 1858 se oženil s Adélou Lucy Lemanovou, dcerou Stephena Adeye, s níž měl pět synů a dceru. Jeho nejmladší syn Leopold byl vyznamenaným armádním důstojníkem z první světové války.

.