Tato kapitola popisuje rozpoznávání tRNA aminoacyl-tRNA syntetázami. Vysoce specifický výběr substrátů tRNA aminoacyl-tRNA synthetasami je zajímavým problémem v oblasti rozpoznávání RNA-proteinů. Synthetasy specifické pro každou z 20 aminokyselin se v buňce setkávají s bazénem tRNA, které mají podobnou celkovou strukturu. K výběru vhodné tRNA pro připojení každé aminokyseliny dochází vytvořením kontaktů RNA-protein jedinečných pro každý pár kognitivní tRNA-syntázy. Místa v tRNA, která řídí tyto interakce, byla zkoumána různými technikami diskutovanými v této kapitole, například testy specifity tRNA pro aminokyseliny. V kapitole je diskutována úloha antikodonu při rozpoznávání, úloha akceptorového kmene a diskriminační báze a úloha modifikovaných bází. Antikodon není nutný pro rozpoznávání tRNAAIa a případně tRNASer; tyto a všechny ostatní tRNA E. coli pravděpodobně obsahují identifikační prvky v antikodonu, které jsou rozhodující pro diskriminaci rozpoznávaných a nerozpoznávaných tRNA synthetasami in vivo. Kromě toho řada tRNA E. coli obsahuje důležité rozpoznávací prvky pro své kognátní synthetasy v akceptorovém kmeni a/nebo v diskriminačním místě

.