Kritickým procesem v embryonálním vývoji je aktivace a prostorová lokalizace mRNA do specifických buněk a území embrya. Odhalení prostorové distribuce mRNA a její změny během vývoje je zásadní informací, která pomáhá pochopit signalizační a regulační geny řídící specifické genové regulační sítě. V laboratoři je nákladově efektivní a spolehlivou metodou pro určení prostorové distribuce mRNA v embryích hybridizace in situ. Tato citlivá a jednoduchá metoda využívá exogenní antisense RNA sondy k nalezení specifických a komplementárních sekvencí ve fixovaných embryích. Antigenní části konjugované s ribonukleotidy obsaženými v sondě zkříženě reagují s protilátkami a následně lze použít řadu barvicích metod k odhalení prostorové distribuce cílové mRNA. Kvalita údajů získaných touto metodou odpovídá zkušenostem výzkumníka, a proto je pro získání vysoce kvalitních údajů důležité důkladné pochopení mnoha kroků, které tuto metodu tvoří. Zde shrnujeme několik protokolů, které byly použity především u pěti druhů mořských ježků v mnoha laboratořích po celém světě. Zatímco protokoly se mohou u různých druhů lišit, základní kroky jsou podobné a lze je snadno zvládnout. Při správném a pečlivém provedení je hybridizace in situ mocným nástrojem poskytujícím jednoznačné údaje, za který v současné době neexistuje srovnatelná náhrada, a bude i nadále důležitou metodou v éře velkých dat i v dalších obdobích.